Ewangelie wspominając o Nazarecie wymieniają wyraźnie dwa odrębne miejsca: miejsce zwiastowania tam gdzie do Maryi przyszedł anioł, oraz dom św. Józefa dokąd wprowadził swoją małżonkę i gdzie mieszkała święta Rodzina.
Bóg posłał anioła Gabriela do miasta w Galilei, zwanego Nazaret do Dziewicy poślubionej mężowi, imieniem Józef, z rodu Dawida; a Dziewicy było na imię Maryja. Anioł wszedł do Niej i rzekł: «Bądź pozdrowiona, pełna łaski, Pan z Tobą, błogosławiona jesteś między niewiastami… Oto poczniesz i porodzisz Syna, któremu nadasz imię Jezus. Będzie On wielki i będzie nazwany Synem Najwyższego…» (Łk 1,26-32).
Anioł Pański ukazał się Józefowi we śnie i rzekł: «Józefie, synu Dawida, nie bój się wziąć do siebie Maryi, twej Małżonki; albowiem z Ducha Świętego jest to, co się w Niej poczęło. Porodzi Syna, któremu nadasz imię Jezus, On bowiem zbawi swój lud od jego grzechów»… Zbudziwszy się ze snu, Józef uczynił tak, jak mu polecił anioł Pański: wziął swoją Małżonkę do siebie (Mt 1,20-24).
Miejsce gdzie dokonały się to niezwykłe misteria, pierwsi wyznawcy Chrystusa stosunkowo wcześnie zamienili w miejsce kultu. Ta pierwsza grupa chrześcijan to mieszkańcy Nazaretu, bliscy, może wręcz krewni Jezusa – jak świadczą tradycje, była w posiadaniu miejsca, domu Maryi, groty w której strzegli tradycji związanej ze zwiastowaniem Maryi i z dzieciństwem Jezusa.
Chrześcijanie Nazarejscy zazdrośnie strzegli tradycji o grocie, najpierw przed tymi, którzy nie uwierzyli i nie przyjęli chrześcijaństwa, potem przed chrześcijanami z pogaństwa, którzy mimo wszystko z biegiem czasu zyskali przewagę. Po IV wieku greccy chrześcijanie, przybysze z Bizancjum mieli inne podejście, w miejscu domu Maryi, nad grotą Zwiastowania wybudowali bazylikę. Miejscowi chrześcijanie, tak zwani judeo-chrześcijanie zachowali pod swoją opieką dom Józefa.
Kiedy w VI wieku do Nazaretu przybył Anonim z Piacenzy, opisuje w swoim Itinererium kościół nad domem Maryi, nic nie wspomina o domu Józefa, być może, że judeo-chrześcijanie nie chcieli go u siebie, nie wtajemniczali go w swoje tradycje. Lecz sto lat później francuski pielgrzym Arculf opisuje już obydwa kościoły, charakterystyczne że dom Józefa nazywa kościołem Karmienia, nazwa ta świadczy o lokalnej mentalności judeo-chrześcijan.
Od VII wieku coraz większą władzę nad całym Bliskim Wschodem zyskują kalifowie z dynastii omajjadów, chrześcijanom żyje się coraz trudniej. Bazylika nad Grotą Zwiastowania była w rękach bogatych greckich chrześcijan, którzy są w stanie zjednać sobie przychylność władz, w przeciwieństwie do biednych Nazarejczyków. Tak za panowania kalifa Jazida II kościół Karmienia nad domem Józefa poszedł w zapomnienie.
Duży kościół krzyżowców nad grotą Maryi wybudowany w XI wieku zburzył oficer dowodzący wojskami sułtana Baibarsa Ala ed-Din Taybar w XIII wieku. Jednak pamięć o świętych miejscach trwa wśród pielgrzymów i miejscowych chrześcijan. Nową epokę w historii Nazaretu zapoczątkowali franciszkanie kiedy dnia 19 grudnia 1620 wykupili teren obejmujący obydwa sanktuaria. Dopiero sto lat później w roku 1730 bracia św. Franciszka otrzymali pozwolenie na budowę kościoła.
Od tego czasu franciszkanie bez przerwy są opiekunami tego sanktuarium. Od XIX wieku rozwija się archeologia, nauka ta okazała się nieocenioną pomocą dla poznania historii tak biblijnej, jak i późniejszej, chrześcijańskiej. W roku 1895 franciszkanie przypadkowo odnaleźli fragmenty mozaiki w okolicy kościoła. Ojciec Prosper Viaud został przez Franciszkańską Kustodię Ziemi Świętej oddelegowany do przeprowadzenia systematycznych badań terenu i odkrył wtedy pozostałości kościoła z okresu krzyżowców. Była to absyda kościoła z XI w. oraz między innymi, pięć bardzo dobrze utrzymanych kapiteli romańskich. Kompleksowe wykopaliska przeprowadzono 50 lat później, przed budową aktualnej bazyliki. Badania prowadzone w latach 1954-1960 przez o. Bellarmina Bagattiego potwierdziły ponad wszelką wątpliwość autentyczność miejsca – Grota Zwiastowania od samego początku była otoczona czcią lokalnych chrześcijan.
Do pionierskich prac archeologicznych należą również badania w Nazarecie na terenie kościoła św. Józefa. Ojciec Prosper przeprowadził wówczas kompleksowe prace w tym obiekcie, czyli kilkaset metrów dalej na północ. Stwierdził obecność kultowego obiektu chrześcijańskiego, czyli kościoła, nad zabudowaniami mieszkalnymi. W warstwie mieszkalnej odnaleziono wykute w skale groty, pomieszczenia mieszkalne lub magazynowe oraz bardzo typowe cysterny do gromadzenia wody wykute w skale. Ten dom był czczony przez chrześcijan Nazaretu świadcząc o tradycji domu Świętej Rodziny i domu rodzinnego Jezusa.