«Jakżeż Ty będąc Żydem, prosisz mnie, Samarytankę, bym Ci dała się napić?» (J 4,9) – odpowiada Samarytanka Jezusowi w Ewangelii św. Jana. A ewangelista komentuje: „Żydzi bowiem z Samarytanami unikają się nawzajem”. Scena ta przy spotkaniu Samarytanki z Jezusem ilustruje, jakie były stosunki pomiędzy Samarytanami a Żydami. Również przypowieść o miłosiernym Samarytaninie ilustruje, że te relacje nie były zbyt przyjazne (Łk 10,30-37).
Kim byli Samarytanie? Dlaczego Samarytanie i Żydzi wzajemnie się nie lubili skoro wierzyli w jedynego Boga Jahwe? Skąd brały się takie antagonizmy między nimi? Ta historia sięga bardzo zamierzchłych czasów. Początki historii związanej z powstaniem grupy Samarytan mają związek z niewolą asyryjską a później babilońską.
W trakcie najazdu Asyryjczyków w 721 roku przed Chr. upadła północna część pokoleń izraelskich, czyli państwo północne, inaczej nazywane Izrael. Padła stolica Izraela – Samaria. A mieszkańcy tego północnego państwa Izrael zostali uprowadzeni do niewoli. W to miejsce zostały sprowadzone grupy osadników ze Wschodu. Osadnicy ci mieli za zadanie wykorzystać ten teren i osiągnięcia cywilizacyjne, które zdobyły pokolenia północne. Grupy osadników przybyłe na teren państwa Izrael, zwłaszcza na teren Samarii, połączyły się z pozostałymi Izraelitami i przyjęły ich religię.
Według starożytnych zwyczajów przybysze, posłani lub przymuszeni do osiedlenia się na nowym terenie przyjmowali miejscową religię. Tak samo osadnicy asyryjscy ze wschodu i północnego wschodu przyjęli wiarę w jedynego Boga. Traktowali wiarę w Boga Jahwe jako wiarę w lokalne bóstwo. A więc mieszkając na terenie państwa Izrael przyjęli wiarę w jedynego Boga, bo byli przekonani, że to jest duch opiekuńczy tych ziem. Z biegiem czasu rozwinęło się to w religię monoteistyczną, tak że te grupy przybyszów, osadników, w połączeniu z miejscową ludnością utworzyły jakby etnicznie nową grupę mianowicie Samarytan. Jako Księgę Świętą przyjmowali Pięcioksiąg.
Niedługo później padła również Jerozolima pod naporem Babilończyków (587/586 r. przed Chr.), a razem z nią cała południowa część pokoleń Narodu Wybranego, zwłaszcza Juda – państwo południowe. Mieszkańcy Jerozolimy również zostają uprowadzeni do niewoli, tym razem nad Eufrat i Tygrys, do niewoli babilońskiej. Jednak ta niewola nie trwała tak długo i pokolenia południowe, zwłaszcza pokolenie Judy z państwa południowego przetrwało niewolę. Przede wszystkim dlatego, że trwała krócej, ale może również dlatego, że mieli patronów, mieli działaczy religijnych, wśród nich grupy kapłanów, a przede wszystkim proroków, którzy dodawali im otuchy, którzy głosząc Słowo Boże różnymi sposobami przyczynili się do tego, że przetrwali niewolę i wrócili z tej niewoli.
Przeciwnie pokolenia północne, które uprowadzone wcześniej do niewoli asyryjskiej, zasymilowały się w nowym środowisku i nic nie wiadomo, co się z nimi stało dalej – po prostu nigdy już nie wróciły jako zjednoczone pokolenia, jako zjednoczone grupy Izraelitów do swoich macierzystych ziem, do Samarii.
W międzyczasie w Samarii rozrosły się te grupy etnicznie nowe, które powstały, jak wspomniano, z osadników połączonych z miejscową ludnością. W Babilonii w międzyczasie też doszło do przewrotu, do władzy doszła Persja. Nowy władca Persów, Cyrus, chce być łagodny dla swoich nowych poddanych i m.in. mieszkańcom Jerozolimy i całej Judei pozwala wrócić do swojej ojczyzny. A więc wracają – Judejczycy już teraz, a więc tylko pozostałość jednego pokolenia. Wracają do Jerozolimy. Jest szósty – piąty wiek przed Chr. Wracają do swojej ojczyzny, odbudowują Jerozolimę. Wtedy stykają się z mieszkańcami Samarii. Zapewne wiedzieli, kim oni są, że to są grupy osadników, które przyjęły religię monoteistyczną, wiarę w jedynego Boga Jahwe. Ci Samarytanie poczuwają się do pewnej jedności wiary z tymi Judejczykami, którzy powrócili z niewoli, i proponują im pomoc: «Chcemy budować z wami, albowiem czcimy Boga waszego jak wy i Jemu składamy ofiary od czasów Asarhaddona, króla asyryjskiego, który nas tu sprowadził» (Ezd 4,2). A wtedy Judejczycy, którzy wrócili z niewoli, nie zgodzili się na to, odrzucili pomoc Samarytan. Uważali ich za nieczystych mimo, że wierzyli w jedynego Boga Jahwe, uważali ich za nieczystych również z tego względu, że byli potomkami osadników ze Wschodu, czyli pochodzenia nieizraelskiego. W zasadzie to był początek tej odwiecznej niezgody – kiedy Judejczycy odrzucili pomoc Samarytan wtedy Samarytanie poczuli się urażeni, odseparowani i odrzuceni. I ten stan trwał przez stulecia, wzajemna niechęć tylko się pogłębiała. W czasach Jezusowych, w czasach Nowego Testamentu, widzimy wyraźnie tę wzajemną niechęć.
Od tego momentu również przyjęło się nowe nazewnictwo narodu izraelskiego. To, co przed niewolą istniało jako dwa odrębne państwa – Izrael i Juda, przestało istnieć.
Pokolenia izraelskie nie wróciły z niewoli, zasymilowały się z nowym otoczeniem, z nową religią, z nowymi narodami gdzieś na wschodzie. Wróciły z niewoli w zasadzie tylko te pokolenia, które były związane z Jerozolimą, a to było przede wszystkim pokolenie Judy i dlatego od tego momentu na członków narodu wybranego zaczęto mówić Judejczycy, po grecku Judajoy, co tłumaczy się po prostu Żydzi. A więc nazwa Żydzi, Judejczycy, we wszystkich innych językach nazwy związane z tym rdzeniem, pochodzą od określenia – mieszkańcy Judy, czyli ci, którzy wrócili z niewoli babilońskiej jako członkowie narodu wybranego. Innych pokoleń już nie ma. Od tego czasu tylko Judejczycy i tylko Żydzi. Dlatego w czasach Nowego Testamentu jest ogólnie przyjęta nazwa Żydzi w odróżnieniu od pogan, w odróżnieniu od członków innych narodów.
W międzyczasie Samarytanie w swojej wierze w jedynego Boga też rozwinęli miejsca kultu. To było oczywiste, że potrzebowali jakiegoś miejsca kultu. Na górze Garizim powstała świątynia ku czci jedynego Boga Jahwe i inne miejsca pamiątkowe, w których czczono różne wydarzenia związane z historią zbawienia. I dlatego w rozmowie z Jezusem Samarytanka twierdzi: „Ojcowie nasi oddawali cześć Bogu na tej górze, a wy mówicie, że w Jerozolimie jest miejsce, gdzie należy czcić Boga (J 4,20). Studnia Jakubowa jest prawie że u stóp góry, w każdym bądź razie widać bardzo wyraźnie wyniosłą górę, która wznosi się nad dzisiejszym miastem Nablus, a wówczas górowała nad całą okolicą. Odrębność Samarytan trwa do dzisiejszego dnia. Pomimo różnych przemian politycznych etnicznie odrębna grupa Samarytan żyje do dzisiejszego dnia.