Przyszedł na świat około 1217 r. w Bagnoregio koło Orrieto. Rodzice jego – Jan Fidanza, lekarz i Maria Ritello. N Chrzcie świętym otrzymał imię Jan. Sam Święty mówi o sobie: „Gdy byłem dziecięciem, zostałem wyrwany z objęć śmierci i w pełni przywrócony do życia, gdy matka złożyła ślub za mnie ciężko chorego, prosząc o wstawiennictwo św. Ojca Franciszka. To, co zachowuję w pamięci, teraz jako fakt rzeczywisty wyznaję” (Ż Mn VII,8). Elementarne nauki pobierał w klasztorze franciszkańskim w rodzinnym miasteczku Bagnoregio. W 1235 r. rozpoczyna studia na wydziale atrium w Paryżu. 8 lat później Jan Fidanza kontynuuje studia teologiczne, prawdopodobnie jako nowicjusz franciszkański, pod kierunkiem Aleksandra z Hales i Jana z La Rochelle (do ich śmierci w 1245 r.), Wilhelma z Melitony, Odona Rigauda. Ukończywszy studia teologiczne przyjął święcenia kapłańskie. Z upoważnienia generała Zakonu Jana z Parmy „wykładał” Pismo Święte. W latach 1250-51 odbył formację kaznodziejską. W kwietniu 1254 r. uzyskał stopień magistra teologii i zostawszy znany przez Uniwersytet, objął katedre w szkole franciszkanów po Wilhelmie z Melitony. Był mistrzem regentem do 1257 r.
2 lutego 1257 r. na kapitule generalnej w Rzymie Bonawentura zostaje wybrany generałem Zakonu. W 1259 r. przebywał na Alwerni, gdzie napisał kilka dzieł z zakresu teologii, ascezy, życia wewnętrznego i zakonnego. Kapituła generalna zleciła mu napisanie życiorysu św. Franciszka. Z tego zadania wywiązał się bardzo dobrze, a kapituła generalna odbyta w Pizie 1263 r. zaaprobowała Życiorys Większy i Mniejszy św. Franciszka. Rok później wymówił się od przyjęcia nominacji na arcybiskupa Yorku w Anglii.
23 maja 1273 r. Grzegorz X mianuje Bonawenturę kardynałem i biskupem Albano. 11 listopada tegoż roku z rąk papież otrzymuje sakrę biskupią w Lyonie. W 1274 r. odbył się sobór Lioński II. Kardynał Bonawentura należał bez wątpienia do czołowych jego postaci. Był mistrzem na Uniwersytecie Paryskim i człowiekiem ogromnej wiedzy, prawowitości a zarazem święty. Od listopada 1273 r. do maja 1274 r. Bonawentura przebywał u boku papieża
Był jednym z głównych twórców soboru, który miał wkrótce nastąpić. Zbierał, badał i studiował sprawozdania, napływające ze wszystkich stron. Przygotowywał sesje i regulamin przyszłego soboru. Przyjmował biskupów, przybywających na sobór i innych gości. W dalszym ciągu był jeszcze generałem i kierował Zakonem. Zajął się przygotowaniem i zwołaniem kapituły generalnej zakonu. Następcą jego został o. Hieronim d’Ascoli, późniejszy papież Mikołaj IV. W nocy z 14 na 15 lipca 1274 r. zmarł w klasztorze franciszkańskim w Lyonie kardynał Bonawentura. Jego nagła śmierć wywołała wielkie zdziwienie i powszechny żal. Do dzisiejszego dnia szybkie zejście Bonawentura z tego świata pozostaje tajemniczą zagadką. Ceremonie pogrzebowe odbyły się15 lipca. Przewodniczył im osobiście papież Grzegorz X, głęboko przejęty śmiercią swego doradcy i przyjaciela. Mszę św. odprawił dominikanin, kardynał Piotr z Tarentaise i wygłosił kazanie w oparciu o słowa Dawida, płaczącego nad śmiercią Jonatana; „Żal mi ciebie, mój bracie Jonatanie” (2 Sm 1,26). Papież polecił biskupom i kapłanom na całym świecie odśpiewać Mszę św. za spokój duszy Bonawentura. Ciało jego zostało pogrzebane w zakrystii starego kościoła franciszkanów Lyonie, a w roku 1450 w nowo wystawionej świątyni ku czci św. Franciszka. Znaleziono wówczas język Bonawentura zupełnie nietknięty rozkładem, a nawet zaczerwieniony. Kronikarze notują, że tego dnia wielu chorych i kalek odzyskało zdrowie. Z tej okazji wyjęto kość z prawego ramienia Świętego i podarowano ją rodzinnemu miastu, Bagnoregio. Część relikwii otrzymał także król francuski i umieścił je w bogatym relikwiarzu w kaplicy królewskiej w Fonteinebleau, które potem królowa Anna Austriaczka podarowała franciszkanom w Paryżu. Relikwię głowy Bonawentura otrzymali franciszkanie w Lyonie i umieścili ją w kosztownym relikwiarzu, ufundowanym przez siostrę króla Francji, Karola VIII. Relikwie, które były w Lyonie w kościele franciszkańskim, hugenoci wyjęli z sarkofagu i zatopili w Rodanie.
W roku 1807 zaginęła równieżrelikwia głowy Świętego. Zachowała sięwięc jedynie relikwia ramienia Bonawnetury w Bagnoregio. Dom Świętego zawalił się. Wtedy na jego ruinie wystawiono kościół pw. Św. Bonawentury w latach 1523-1527.
14 kwietnia 1482 r. papież Sykstus IV (franciszkanin konwentualny) w bazylice watykańskiej bullą „Superna caelestis patria” ogłasza Bonawentura świętym i zalicza go w poczet Doktorów, wyznaczając dzień 14 lipca jako jego święto. Natomiast papież Sykstus V (również franciszkanin konwentualny) dnia 14 marca 1588 r. bullą „Triumphantis Hierusalem” zalicza św. Bonawentura „intern praecipuos et primarios doctores” Kościoła. Bulla papieska utrwala używany od pewnego czasu tytuł św. Bonawentura „Doktor Seraphicus” w miejsce wcześniej używanego „Doktor Devotus”.
Święty Bonawentura jest patronem teologów, robotników, tragarzy, wytwórców jedwabiu, dzieci i matek oczekujących dzieci. Ikonografia przedstawia go w habicie franciszkańskim, czasem w kapeluszu kardynalskim. Często można go zobaczyć przy pulpicie pisarskim, a jego atrybutami są krzyż i księga. Przedstawia się także jego śmierć i złożenie na marach oraz w otoczeniu różnych świętych postaci z historii Kościoła oraz zakonu franciszkańskiego.
Bonawentura to przede wszystkim człowiek święty. Umiał przedziwnie łączyć życie niezmiernie czynne i publiczne z życiem wewnętrznym. Wyróżniał się wielkim nabożeństwem do Męki Pańskiej. Aleksander z Hales, mistrz św. Bonawentura, miał się o nim wyrazić: „W nim zdawał siadam nie zgrzeszyć?. Kiedy posłowie papieża przyszli do niego z kapeluszem kardynalskim, zastali go przy myciu naczyń kuchennych. Żył w wielkiej przyjaźni ze św. Tomaszem z Akwenu i ze św. Ludwikiem IX, królem Francji i współpatronem III Zakonu. Jeden z historyków soboru w Lyonie napisał o św. Bonawenturze: „Człowiek wybitnej nauki i wymowy; maż wielkiej świętości i miłosierdzia; łagodny, pobożny; miły Bogu i ludziom. Bóg mu udzielił łaski, że kto go raz zobaczył, musiał go pokochać”.
Nasz Święty, będąc z natury łagodnego usposobienia, wzbogacił jeszcze walory swego charakteru wielkim wyrobieniem duchowym, samodyscypliną wewnętrzną, pokorą i prostotą w obcowaniu z ludźmi. Współcześni świadkowie nazywają go „mężem świętym, sprawiedliwym, prawym i bojącym się Boga” oraz ‘wzrastającym w łasce i świętości coraz wyżej i bez ustanku; ponieważ każdą prawdę, uchwyconą rozumem, przemieniał w formę modlitwy i chwalenia Boga, ożywiając wszystko wewnętrznym ogniem pobożności”. Nic dziwnego, że wiek XV nazwał go „Doktor Pobożny”, a Kościół nadał mu przydomek: „Doktor Seraficki”.
Na ukierunkowanie działalności Doktora Serafickiego dużo światła rzuca jego osobisty stosunek do św. Franciszka. Uleczony w dzieciństwie z ciężkiej, a nawet śmiertelnej choroby za wstawiennictwem Biedaczyny zachował w sercu wdzięczność i miłość do niego przez całe swoje życie, czując się zniewolonym wewnętrznie do głoszenia jego chwały. Wyrazem tej postawy są dwa życiorysy Franciszka. Bonawentura sam wyznaje, że gotując się do pisania, troskliwie zbierał fragmenty wspomnień od naocznych świadków o cnotach, czynach i słowach św. Franciszka, nie chcąc pominąć opinii tych, którzy głębiej wniknęli w jego ducha i świętością swego życia zobrazowali wielkość jego ideałów.
W jednym ze swoich dzieł powiada Bonawentura: „Jeśli się chce zrozumieć słowa Pawła, trzeba mieć Pawiowego ducha”. W imię tej zasady, zanim chwyci Bonawentura za pióro, będzie długo pielgrzymował po miejscach uświęconych pobytem i modlitwami Biedaczyny, wśród których najlepiej przypadła mu do serca Alwernia. Skupionym umysłem i otwartym sercem napełniał swą duszę atmosferą Alwerni i sycił się jej oddechem, by móc potem jak najwierniej odtworzyć to wszystko na papierze i przekazać braciom ku zbudowaniu. Nic dziwnego, zę oba życiorysy Biedaczyny, wyszłe spod pióra Bonawentury, będą tętnić Franciszkowym pulsem, uchwyconym na żywo, jakby w locie, genialną intuicją wielkiego ucznia. Nasz Święty nie chciał być mechanicznym pisarzem i kronikarzem, zgubionym w gąszczu dat i faktów, lecz pragnął uchwycić wewnętrzne więzy wydarzeń, jako najbardziej żywotne motywy poczynań Biedaczyny. Dlatego z biografa tak łatwo przedzierzgnie się w teologa i mistyka, którego umysł nie zagubi się w rejestrowaniu słów i gestów, lecz na ich osnowie będzie tropił poruszenia duszy. Bonawentura był przekonany, że jego milczenie odnośnie wielkości św. Franciszka byłoby wyrazem godnej pożałowania niewdzięczności.
Uleczenie z choroby w dzieciństwie za wstawiennictwem św. Franciszka, przypominane potem z pewnością często przez matkę, zostawiło w duszy i sercu chłopca nie tylko wdzięczność, ale i sympatię dla franciszkańskich zakonników, którą późniejsze kontakty osobiste mogły stopniowo wzmacniać. Sprawa jednak dojrzewała długo. Ostatecznie zadecydował Paryż, gdzie młody Bonawentura studiował. Słuchał on tam franciszkańskich mistrzów i obserwował życie braci mniejszych, umiejących łączyć surowość i prostotę życia z głęboką nauką. Najgłębszą przesłankę podaje sam Bonawentura, gdy mówi, że „motywem, który go skłonił do umiłowania życia błogosławionego Franciszka’, było dopatrzenie się ścisłego podobieństwa między początkami Kościoła i losami zakonu franciszkańskiego. Powyższa obserwacja zrodziła w nim przeświadczenie o zleconej zakonowi misji przez samego Chrystusa za pośrednictwem św. Franciszka i jego zakonu. To zadanie go pociągnęło i postanowił mu się oddać. Decydującym jednak bodźcem stało się dziwne wydarzenie zewnętrzne, kiedy to bogaty Anglik, kanonik w Londynie i archidiakon w Coventry, a potem uczony profesor na uniwersytecie paryskim, Aleksander z Hales, w czasie kazania w kościele braci mniejszych zrzucił togę profesorska i przywdział habit franciszkański. Na Bonawenturze zrobiło to ogromne wrażenie i zmobilizowało wewnętrznie. W niedługim czasie po tym fakcie sam zapukał do furty klasztornej, przyjął franciszkański habit, zmieniając chrzestne imię Jana na nowe Bonawentury. Tak ostatecznie dopełnił, jeżeli nie życzeń matki, to na pewno pragnień własnej duszy. Od tej chwili odda się całym sercem na służbę swojemu już zakonowi.
Chwyci za pióro, by bronić zakonu przed atakami z zewnątrz, rozpętanymi przez profesorów paryskiego uniwersytetu, jako równy im stanowiskiem na tejże samej uczelni. W sprawach zakonnych skoncentruje się na wykładzie i pogłębieniu duchowej spuścizny Założyciela. W pismach znów ascetyczny będzie pierwszy próbował zarysować ramy teologii franciszkańskiej oraz wyłożyć nowe elementy mistyki, natchnionej duchowością Świętego z Asyżu.
Jeden z naocznych świadków zanotuje następującą wypowiedź św. Bonawentura na temat jego stosunku do zakonu: „Ogromnie bolał nad powszechnym wówczas rozluźnieniem i na plenum Kapituły w Paryżu, w mojej obecności, wyznał, iż od chwili gdy został generałem, pragnął zawsze, by go starto na proch, byleby tylko zakon odzyskał pierwotną nieskazitelność św. Franciszka i jego towarzyszy”.
Gdy został generałem zakonu – to głównym celem jego poczynań była sprawa uspokojenia wzburzonych umysłów braci i wewnętrzne zjednoczenie zakonu. To był trudny problem. Dystans między Franciszkiem, którego żywy obraz wciąż odświeżali w pamięci naoczni świadkowie, a istniejącym wtedy zakonem był rzeczywiście wielki. Franciszek był postacią ze wszech miar wyjątkową, niepowtarzalną w swym wydaniu a przy tym nadzwyczajnym charyzmatykiem. Tymczasem charyzmatów nie można przekazać w testamencie ani ich działaniu narzucić określonych form. Życie Biedaczyny było w pewnym stopniu nieosiągalnym ideałem, natchnionym łaską Bożą, którego przeciętny śmiertelnik nie jest w stanie zrealizować na miarę pierwowzoru. Franciszek, rozpalony miłością Bożą, stał się szaleńcem w stylu Pawiowym, a to jest udziałem osób wyjątkowych, Bożych wybrańców. Rwał po prostu ku górze, nie wyobrażając sobie możliwości stawiania jakichkolwiek barier w pochodzie ku Bogu. Dlatego nie myślał o organizacji zakonu, gdyż jego rozwój widział jako stały progres na wzór dynamizmu życia i własnej duchowości.
Tymczasem twarda rzeczywistość wysunęła konieczność ujęcia tego żywiołu w określone normy, w spisaną regułę, co oznaczało nie tylko stabilizację, ale domagało się modyfikacji w samym programie życia zakonu, by móc go dopasować do wymiarów ludzkich możliwości.
Poprawek domagał się tak Franciszkowi program życia, jak panujące prawodawstwo. Dokonała tego stolica Apostolska, modyfikując postulaty franciszkańskiego stylu życia i wprowadzając odpowiednie paragrafy do kanonicznego prawa, by utorować drogę i zalegalizować istnienie nowej rodziny zakonnej. Taka operacja nie mogła obejść się bez ostrzejszych cięć, które z natury rzeczy przyćmiły klarowność Franciszkowego ideału, ogołacając go z najbardziej oryginalnych znamion, przeciw czemu zaczęli buntować się gorliwi, ogłaszając zdradę intencji Założyciela. Celem zażegnania tej burzy poczęły mnożyć się coraz to nowe wyjaśnienia i interpretacje reguły, uzasadniające potrzebę zmian w imię wymagań życia.
Jak Franciszek nie tylko myślał i mówił słowami Ewangelii, ale nimi żył bez komentarza, tak Bonawentura, choć sławny profesor uniwersytetu i wybitny teolog, żył dziecięcą wiarą, myślał prawdami Pisma Świętego i zatapiał się w Chrystusie w mistycznej modlitwie. Przeżywana obecność Boga i całkowite zdanie się na Opatrzność, tak znamienne dla Franciszka, posłużą Bonawenturze za teologiczne podwaliny do obrony immanencji Bożej w świecie i do bezgranicznego zatopienia się w Bogu, źródle uszczęśliwiającej miłości. Niechęć Franciszka do wiedzy, która nadyma, lecz pietyzm nawet do skrawków Ewangelii nakierują myśl Bonawentura na nieustanne studium Pisma Świętego i posłużą do zbudowania na jego założeniach takiej teologii, do której dadzą się sprowadzić wszystkie inne nauki. Franciszkowi miłość do prawdy i do ludzi, przemieniająca wszystko i wszystkich w braci i siostry, stanie się dla Bonawentura drabiną, po której będzie wspinać się jego droga umysłu do Boga. Dworna rycerskość i arystokratyzm ducha najbiedniejszego z ludzi Franciszka natchnie Bonawentura, arystokratę myśli i herolda mistyki, do szukania wszędzie i we wszystkim śladów potężnego Stwórcy i miłościwego Boga. Bonawentura myśliciel, filozof, mistyk, człowiek nieugaszonych pragnień i bezgranicznych aspiracji, bardziej poeta niż metodyk, w całej swojej osobowości okazał się najwierniejszym odtwórcą pisarskim Franciszkowego ducha i jednym chyba z największych jego uczniów.
Zakon zawdzięcza Bonawenturze duchowe i organizacyjne zespolenie, franciszkańska myśl teologiczna – pierwszą swoją syntezę i zręby własnej szkoły, mistyka chrześcijańska – metafizyczne fundamenty swej przedziwnej konstrukcji, a chrześcijaństwo – unię Kościoła Wschodniego z Zachodem na soborze w Lyonie. Przyroda znalazła w nim odkrywcę śladów Stwórcy, ludzki umysł – z jego pomocą odczytał w sobie Boży obraz i podobieństwo, a dusza – swe pokrewieństwo z Bogiem przez łaskę i miłość. Zanim jednak Bonawentura zacznie szkicować w grubych foliałach swe maksymalistyczne syntezy teologiczne i mistyczne, najpierw zaglądnie do swej duszy i przelustruje swe obowiązki, by nie zakradła się jakaś sprzeczność między słowem a życiem. Dlatego pójdą u niego w parze i zgodzie ze sobą; myśl i czyn, modlitwa i praca, obcowanie z Bogiem i pełnie prostoty i szczerości przestawanie z każdym bratem. Bonawentura napisał: „Taki jest właśnie pożytek z wszelkiej wiedzy, aby pomnażała się wiara, czczony był Bóg, wzrastała moralność i zażywano pociech, płynących z obcowania oblubieńca z oblubienicą, co uzyskuje się przez miłość, ku której zmierza przewodnia myśl Pisma Świętego, a w konsekwencji wszelkie nadprzyrodzone iluminacje, i bez której próżne są wszelkie nadprzyrodzone iluminacje, i bez której próżne jest wszelkie poznanie”.
Święty Bonawentura, człowiek delikatny wydobył zakon z kłótni, schizm i skandali. Przypisywał bowiem doniosłe znaczenie kojącej i ustawicznie odkażającej roli czasu w życiu zdrowych komórek zakonu pozostawiając mu również troskę o osłabienie.
Święty Franciszek i św. Bonawentura – dwa nierozdzielne imiona, dwóch ludzi usilnie i zdecydowanie zmierzających do tego samego ewangelicznego ideału, dwa płonące światła na tym samym firmamencie, dwie wole i dwa serca złączone i zachwycone tą samą miłością i tą samą siłą Boga, Chrystusa, Człowieka, dwóch świętych, dwóch „zakochanych w Miłości”.
Życiorys Większy św. Franciszka Bonawentura kończy: „O chwalebny nosicielu stygmatów Chrystusa, Ty już tryumfujesz w chwale Krzyża, ponieważ rozpoczynając od Krzyża, postępowałeś zgodnie z zasadami Krzyża, dzięki Krzyżowi osiągnąłeś w końcu doskonałość, a teraz przez świadectwo Krzyża ukazujesz wszystkim wierzącym jak wielką chwałą cieszysz się w niebie. Niech bezpiecznie idą za Tobą ci, «którzy wychodzą z Egiptu» (Wj 13,17), «ponieważ po rozdzieleniu morza» (Ps 135,13) laską Chrystusowego Krzyża «przejdą pustynię» (Ps 67,8), a «przekroczywszy Jordan» (Pwt 27,3) tego śmiertelnego życia, wejdą «do obiecanej ziemi żyjących» (Ps 141,6) dzięki cudownej mocy krzyża. Tam, niech nas prowadzi prawdziwy Wódz ludu i zbawiciel, «ukrzyżowany Jezus Chrystus» (Ga 3,1), dzięki zasługom sługi swego, Franciszka, na cześć i chwałę Boga w Trójcy jedynego, który żyje i króluje na wieki wieków. Amen. (Ap 10,6; 11,15).
W naszej kaplicy klasztornej we Wrocławiu zwraca na siebie uwagę i przykuwa wzrok płaskorzeźba w drewnie przedstawiająca Chrystusa ukrzyżowanego, który odrywa swoją lewą rękę i obejmuje stojącego obok i zapatrzonego w Siebie św. Franciszka stygmatyzowanego. Po prawej zaś stronie klęczy św. Bonawentura z piórem i kartą papieru, z insygniami kardynalskimi, który kontemplując i adorując jakby mówił: Krzyż i Ukrzyżowany to moja księga miłości i mądrości.