Kościół otrzymał od Jezusa Chrystusa posłannictwo głoszenia Ewangelii wszystkim narodom i udzielania chrztu świętego, czyli otrzymał Boskie posłannictwo kontynuowania poprzez wieki zbawczego dzieła Chrystusa, przekazując ludziom zbawienie. Posłannictwo to wypełnia poprzez kapłaństwo, tj. przez biskupów, następców Apostołów pod przewodnictwem papieża, następcy św. Piotra oraz swoich współpracowników kapłanów.
Święty Franciszek pałał gorącą miłością do Chrystusa, Boga-Człowieka i uważał siebie za herolda wielkiego Pana. Głęboko i mocno wierzył, że Jezus jest obecny prawdziwie i realnie w Eucharystii, dlatego płonął szczególną miłością do Najświętszego Sakramentu ołtarza. A ponieważ kapłani są tymi, którzy konsekrują, sprawiają i rozdzielają Eucharystię, dlatego Seraficki Patriarcha w szczególny sposób czcił i z głębokim szacunkiem odnosił się do nich. W Testamencie nazywa ich swoimi „Panami” oraz tymi, „którzy dają nam ducha i życie”. Biedaczyna widział kapłana w relacji i perspektywie Eucharystii, w służbie Eucharystii, kapłana „uszlachetnionego” i „wzniosłego” jako tego, który przemienia, sprawuje i rozdziela Najświętszy Sakrament. Stąd w swoich pismach często mówi o kapłanie. Warto w tym miejscu przytoczyć obszerne fragmenty z jego „Listu skierowanego pod koniec życia do braci zgromadzonych na kapitule”.
„Proszę również Pana wszystkich moich braci, którzy są, będą lub pragną zostać kapłanami Najwyższego, ilekroć zechcą odprawić Mszę, aby sami będąc nieskazitelni, w sposób nieskazitelny z czcią składali prawdziwą ofiarę Najświętszego Ciała i Krwi Pana naszego Jezusa Chrystusa, z świętą i czystą intencją, nie dla [uzyskania] jakiejś ziemskiej rzeczy ani z obawy przed jakimś człowiekiem lub z miłości ku niemu, jakoby dla przypodobania się ludziom; lecz całą wola, o ile wspomoże łaska, niech się kieruje ku Bogu, stąd niech pragnie podobać się jedynie samemu najwyższemu Panu, bo On sam jeden działa w tej tajemnicy, jak mu się podoba. Ponieważ, jak on sam mówi: «To czyńcie na moją pamiątkę» (Łk 22,19; 1 Kor 11,29). Kto zaś inaczej czyniłby, ten staje się zdrajcą Judaszem «winnym Ciała i Krwi Pańskiej» (por. 1 Kor 11,27).
Przypomnijcie sobie, moi bracia kapłani, co jest napisane o Prawie Mojżeszowym: jak wykraczający nawet w rzeczach zewnętrznych z wyroku Pan umierał „bez żadnego miłosierdzia” (Por. Hbr 10,28). O ileż bardziej zasługuje na większe i »gorsze kary ten, kto by Syna Bożego podeptał i zbezcześcił Krew przymierza, przez którą został uświęcony i Ducha łaski zelżył« (por. Hbr 10,29). Człowiek bowiem gardzi, bezcześci i depcze Baranka Bożego, gdy, jak mówi Apostoł, »nie rozróżniając« (1 Kor 11,29) i nie odróżniając świętego chleba Chrystusowego od innych pokarmów lub rzeczy albo spożywa niegodny, albo także, chociaż byłby godny, spożywa na próżno i niegodnie, ponieważ Pan mówi przez proroka: «przeklęty człowiek, który spełnia dzieło Boże zdradliwie» (por. Jr 48,10). A kapłanów, którzy nie chcą wziąć sobie tego naprawdę do serca, potępia, mówiąc: «Przeklinać będę wasze błogosławieństwa» (Ml 2,2).
Posłuchajcie, nas bracia: jeśli Błogosławiona Dziewica odbiera i słusznie, taką cześć, ponieważ nosiła Go w najświętszym łonie; jeśli św. Jan Chrzciciel zadrżał i nie śmiał dotykać świętej głowy Boga; jeśli szanujemy grób, w którym przez pewien czas spoczywało [Ciało Chrystusa], jakżeż święty, sprawiedliwy i godny powinien być ten, który rękami dotyka, sercem i ustami przyjmuje i innym do spożywania podaje [Pana], który już nie podlega śmierci, lecz żyje w wiecznej chwale, «na którego pragną patrzeć aniołowie» (1 P 1,12).
«Patrzcie na swoją godność, bracia (por. 1 Kor 1,26) kapłani, i bądźcie świętymi, bo on jest święty» (por. Kpł 11,44; 19,2). I jak Pan Bóg ze względu na tę posługę uczcił was ponad wszystkich ludzi, tak i wy więcej od innych kochajcie Go, szanujcie i czcijcie. Wielkie to nieszczęście i pożałowania godna słabość, że gdy macie Go wśród siebie obecnego, wy zajmujecie się czymś innym na świecie. Niech zatrwoży się cały człowiek, niech zadrży cały świat i niech rozraduje się niebo, gdy na ołtarzu w rękach kapłana jest «Chrystus, Syn Boga Żywego» (Mt 16,16; J 11,27)! O przedziwna wielkości i zdumiewająca łaskawości! O wzniosła pokoro! O pokorna wzniosłości, bo Pan wszechświata, Bóg i Syn Boży, tak się uniża, że dla naszego zbawienia ukrywa się pod niepozorną postacią chleba! Patrzcie, bracia, na pokorę Boga i «wylewajcie przed Nim serca wasze» (Ps 61,9), «uniżajcie się» i wy, abyście zostali wywyższeni przez Niego (por. 1 P 5,6; Jk 4,10). Nie zatrzymujcie więc niczego z siebie dla siebie, aby was całych przyjął Ten, który cały wam się oddaje” (LZ 14-29).
Możemy zaryzykować twierdzenie, że chyba w całej literaturze średniowiecznej nie znajdziemy tak kompletnego i tak wzruszającego opisu godności i wielkości kapłana. Opis ten ukazuje nam, jak wysoko i dla jakich motywów Asyżanin postawił kapłana. Również jego obrazy – porównania podporządkowane są temu celowi; kapłan jest czymś więcej niż Boży Grób; jest wyższy od Jana Chrzciciela, który ochrzcił Jezusa, nie ośmielając jednak dotykać Jego świętej Głowy; jest czymś więcej niż Najświętsza Dziewica, która dała Synowi Bożemu swoje ciało i swoją krew. A dlaczego? Z trzech powodów: po pierwsze – ponieważ może trzymać w swoich dłoniach Pana już nieprzeznaczonego na śmierć, lecz Tego, który jest w niebie – żywy i uwielbiony na wieki, który jest pragnieniem wszelkich stworzeń anielskich; po drugie – ponieważ może Go przyjmować ustami i sercem, i po trzecie – ponieważ może Go rozdzielać innym, którzy pragną Go przyjąć.
Franciszek widzi kapłana nierozerwalnie związanego z ofiarą eucharystyczną, dzięki której Syn Boży „co dzień zstępuje z łona Ojca na ołtarz w rękach kapłana” (Np. 1). W niewymownej tajemnicy „sakrament Ciała Chrystusowego [jest] dokonywany słowami Pana przez ręce kapłana” (tamże).
Dla Biedaczyny kapłan znaczy tyle, co wieczna i nieustanna obecność Chrystusa prawdziwego i rzeczywistego w świecie; bez kapłana nie ma Eucharystii, nie ma ofiary, nie ma Jezusa żywego pod postaciami chleba i wina, nie ma możliwości zbawienia, ponieważ „kto nie spożywa Jego Ciała i nie pije jego Krwi, nie może wejść do Królestwa Bożego” (2 LW 63); „nikt nie może zbawić się, jeśli nie przyjmuje Najświętszego Ciała i Krwi Pańskiej (por. J 6,54)” (1 LK).
W Testamencie natomiast Biedaczyna mówi: „Potem dał mi Pan tak wielkie zaufanie do kapłanów, którzy żyją według zasad świętego Kościoła rzymskiego ze względu na ich godność kapłańską, że chociaż prześladowaliby mnie, chcę się do nich zwracać. I chociaż miałbym tak wielką mądrość jak Salomon, a spotkałbym bardzo biednych kapłanów tego świata, nie chcę wbrew ich woli nauczać w parafiach, w których oni przebywają. I tych, i wszystkich innych chcę się bać, kochać i szanować jako moich panów. I nie chcę dopatrywać się w nich grzechu, ponieważ rozpoznaję w nich Syna Bożego i są moimi panami. I postępuję tak, ponieważ na tym świecie nie widzę niczego wzrokiem cielesnym z najwyższego Syna Bożego, tylko Jego Najświętsze Ciało i Najświętszą Krew, które oni przyjmują i oni tylko innym udzielają” (T 6-10).
W podobny sposób wypowiada się Franciszek w Napomnieniu 26: „Błogosławiony sługa, który ma zaufanie do duchownych uczciwie żyjących według zasad Kościoła rzymskiego. A biada tym, którzy nimi gardzą: choćby bowiem byli oni grzesznikami, jednak nikt nie powinien ich sądzić, bo Pan sam zastrzega sobie prawo sądu nad nimi. O ile bowiem większa jest ich posługa wobec Najświętszego Ciała i Krwi Pan naszego Jezusa Chrystusa, które oni sami przyjmują i sami tylko innym udzielają” (Np. 26,1-3).
W III rozdziale Reguły Niezatwierdzonej, w II rozdziale Reguły Zatwierdzonej i w Testamencie mówi Biedaczyna, że kapłani mają odmawiać Boskie oficjum, tzn. Liturgię Godzin. Nadto do obowiązków kapłana należy także słuchanie spowiedzi świętej, udzielanie rozgrzeszenia i nakładanie pokuty (por. RN, rozdz. 20; RZ, rozdz. 7). „Powinniśmy się spowiadać przed kapłanem ze wszystkich grzechów naszych i przyjmować od niego Ciało i Krew Pana naszego Jezusa Chrystusa” (2 LW 22). Inną jeszcze powinnością kapłana jest głoszenie słowa Bożego (tamże).
Nie ma zatem na ziemi – według Biedaczyny – czegoś wyższego nad kapłana, gdyż tylko jemu została udzielona władza konsekrowania Ciała i Krwi Chrystusa, jedynej widzialnej i realnej obecności Jego wśród ludzi po Jego śmierci, zadatek życia wiecznego i jedyny środek zbawienia. Dlatego kapłan znając swoją godność, winien być czysty, sprawiedliwy, świętszy niż każdy inny człowiek, lecz jeśli nawet takim nie jest, każdy wierzący winien widzieć w nim szafarza, a nie grzech, czcić, szanować i miłować go ze względu na jego posługę, zostawiając Bogu sąd nad jego grzechem.
Tomasz z Celano w taki oto sposób przedstawia postawę Asyżanina wobec kapłanów: „Chciał okazywać wielki szacunek dłoniom kapłańskim, które otrzymały Boską władzę sprawowania tego sakramentu [Ciała i Krwi Pańskiej]. Często mawiał: «Gdyby mi się przydarzyło spotkać razem jakiegoś świętego z nieba i jakiegoś biednego księdza, to najpierw uczciłbym kapłana i pospieszyłbym co rychlej ucałować mu ręce. Powiedziałbym: Ach, święty Wawrzyńcze, zaczekaj!, ponieważ jego ręce dotykają ‘Słowa żywota’ (1 J 1,1) i mają w sobie coś nadludzkiego»” (2 Cel 201).
Do życia według wzoru św. Ewangelii Asyżanin czuł się powołany bezpośrednio i osobiście przez Boga: „Nikt mi nie wskazywał, co mam czynić, lecz sam Najwyższy objawił mi, że powinienem żyć według Ewangelii świętej. I ja kazałem to spisać w niewielu prostych słowach i Ojciec Święty potwierdził mi” (T 14-15). W czasach św. Franciszka według Ewangelii próbowało żyć wielu ludzi i liczne wspólnoty, jednak nie czyniąc tego przez kościół, schodzili na manowce. Biedaczynę Łaska uchroniła od błędnej drogi. Od początku chciał prowadzić życie wyłącznie przez Kościół: „Bracia, widzę, że Pan w swym miłosierdziu chce powiększyć naszą grupę. Przedstawmy Najwyższemu Kapłanowi to, co Pan rozpoczął czynić przez nas, abyśmy zgodnie z Jego wolą i nakazem prowadzili nadal rozpoczęte dzieło” (3 T 46). Mając posłanie i powołanie od Boga, Franciszek prosił o posłanie i powołanie przez Kościół – i otrzymał je. W Kościele i jego pasterzach, w papieżu i biskupach, owszem, we wszystkich kapłanach, pełen wiary Biedaczyna spotyka samego Pana (T 9). Dlatego „czcił kapłanów i z wielką serdecznością odnosił się do całej hierarchii kościelnej” (1 Cel 62). Spotykając w tych ludziach Chrystusa, ze swej strony ofiarowywał im pełne szacunku posłuszeństwo. Działalność apostolską pragnął prowadzić w pełnej zależności do niech – chciał, by i oni do niej go upoważnili. Stąd wszyscy bracia, a zwłaszcza generał Zakonu, winni byli papieżowi i Kościołowi rzymskiemu „posłuszeństwo i szacunek” (RN, prolog 3). Z tychże powodów nie mogli „głosić ludziom w diecezji biskupa, który by im tego zabronił” (RN 9,1); dlatego zakon powinien był również zawsze „prosić Ojca Świętego o jednego kardynała świętego Kościoła rzymskiego, by kierował tym braterstwem, opiekował się nim i utrzymywał je w karności, abyśmy zawsze, poddani i położeni pod stopy tego świętego Kościoła, ugruntowani w wierze katolickiej, zachowywali ubóstwo i pokorę, i świętą Ewangelię Pana naszego Jezusa Chrystusa, jak to stanowczo przyrzekliśmy” (RZ 12,3-4).
Kościół jest dla Franciszka strażnikiem Słowa Bożego. Zawiaduje nim za pośrednictwem swych kapłanów. Niesie je nam w swojej nauce. Choć słysząc w okolicach Porcjunkuli Ewangelię o rozesłaniu uczniów, Biedaczyna z pewnością uważał, że przemawia do niego sam Duch Święty, nie chciał pójść za tym słowem, dopóki kapłan na jego usilną prośbę nie wyłożył mu wspomnianego fragmentu Pisma Świętego. Dopiero wówczas zawołał „rozradowany w Bożym Duchu: «To jest, czego chcę, to jest, czego szukam, to całym sercem pragnę czynić»” (1 Cel 22). Święty był mocno przekonany, „że nikt nie może inaczej się zbawić, jak tylko przez święte słowa Pańskie” (2 LW 34). Równie mocno przekonany był, że owe słowa głoszą kapłani Kościoła. Wszystkim zaś, którzy wówczas tak chętnie tłumaczyli sobie słowo Boga według własnego uznania, oświadcza krótko i zwięźle: „I tylko oni [kapłani] powinni to wypełniać, a nikt inny” (2 LW 35). Dlatego czcił i szanował sługi słowa jako dawców ducha i życia, o czym raz jeszcze zaświadcza w Testamencie (T 13). Asyżanin uważał, że duchem pokuty i nawrócenia obdarowany bywa ten tylko, kto otwiera się w kościele na przekazywane mu przez jego sługi Słowo Boże.
Kościół jest także dla Franciszka szafarzem sakramentów. Niektóre średniowieczne ruchy religijne wychodziły z założenia, że życie według Ewangelii usuwa konieczność przyjmowania sakramentów i w konsekwencji również Kościół uznawały za nieistotny. Patriarcha seraficki wiedział i potwierdził to własnym postępowaniem, że pokutne życie może ocalić człowieka wówczas tylko, gdy stanie się w ogóle możliwe poprzez sakramenty. Nawoływał więc braci: „I w każdym kazaniu, które głosicie, nakłaniajcie lud do pokuty i [przypominajcie], że nikt nie może zbawić się, jeśli nie przyjmuje Najświętszego Ciała i Krwi Pańskiej” (1 LK 6). Współbraci w pokutnym życiu i wszystkich wierzących w Chrystusa, którzy pragnęli wieść taką egzystencję, zachęcał usilnie do przyjmowania świętych sakramentów pokuty i ołtarza (por. RN 20; 2 LW 22-24). Dodawał, że „Pan mówi: «Kto pożywa Ciało moje i pije Krew moją, ma życie wieczne» (RN 20,5); oraz że «Kto nie spożywa mego ciała i nie pije mojej Krwi, nie może wejść do Królestwa Bożego»” (2 LW 23). Owo życie wieczne, królestwo Boże, jest dla człowieka osiągalne tylko w Kościele. Kapłani przekazują je w sakramentach świętych. Ten fakt był dla Patriarchy serafickiego jeszcze jednym powodem ku temu, by czcić i poważać stan kapłański.
Biedaczyna widział więc w Kościele szczególnie matkę, która mocą wiary strzeże swe dzieci przed błędnymi drogami i prowadzi bezpiecznie do zbawienia. Widział w nim matkę, która rozdaje słowa Pańskie, a w nich „ducha i życie”. Widział w nim macierzyństwo obdarowujące życiem w sakramentach. Dlatego określał go mianem „świętej matki Kościoła” (T 5,5).
Najgorliwiej zabiegał zawsze o to, aby życie braci zakorzenione było w życiu świętego Kościoła. Skoro w życiu według świętej Ewangelii mieli „zachowywać naukę i naśladować przykład Pana naszego Jezusa Chrystusa” (RN 1,1), winni również w życiu według świętego Kościoła rzymskiego „zawsze ze szczerym oddaniem iść jego czcigodnymi śladami” (2 Cel 24). We wszystkich ważniejszych sprawach wskazywał braciom na „przepisy świętego Kościoła rzymskiego”, wedle których winni kształtować swoje nowe życie: „Nikogo nie wolno przyjmować wbrew praktyce i przepisom Kościoła świętego” (RN 2,12). „Klerycy niech odmawiają oficjum… według zwyczaju przyjętego wśród duchowieństwa” (RN 3,4). We wszystkich miejscach swego pobytu bracia winni odprawiać Mszę świętą według przepisów świętego Kościoła rzymskiego (LZ 30). Wszystko co dotyczy szafowania sakramentami, „mamy obowiązek zachowywać ponad wszystko według przykazań Pańskich i przepisów świętej matki Kościoła” (2 LK 13). Życie zakonne braci mniejszych, ich modlitwa liturgiczna, sprawowanie Eucharystii, szafowanie tym sakramentem i oddawana mu cześć, działalność apostolska – wszystko dziać się musi w Kościele, wszystko włączone być winno w jego życie, albowiem bez tego życiodajnego związku nie ma dla człowieka zbawienia, a więc nie ma „życia pokuty” i uwielbienia Boga Ojca. W tym świetle rozpatrywać należy usilne upomnienie, jakie Biedaczyna kieruje do braci, „aby wiernie zachowywali świętą Ewangelię, którą przyrzekli wypełnić, a zwłaszcza aby byli pełni czci i pobożności w odmawianiu Boskiego oficjum i wobec przepisów Kościoła” (3 T 5,7).
Franciszek pamięta, że tylko kapłani, jako szafarze sakramentów i głosiciele słów Bożych (por. 2 LW 33-34), „są w Kościele powołani do rodzenia synów” (2 Cel 164).