W każdym sanktuarium, gdzie były prowadzone wykopaliska archeologiczne, wniosły one wiele w znajomość historii danego miejsca i zadecydowały o naszej o nim wiedzy. Niejednokrotnie potwierdziły przypuszczenia lub tradycje przekazywane przez stulecia. Te badania pozwalają poznać nie tylko historię danego miejsca, ale i cały szerszy kontekst kulturowy i ideologiczny dotyczący Ziemi Świętej i całego regionu.
Tak też było w wypadku sanktuarium św. Jana Chrzciciela w Ain Karem, gdzie przeprowadzono badania archeologiczne na terenie dziedzińca przed kościołem. Stwierdzono przede wszystkim, że miejsce to było zamieszkałe w epoce rzymskiej. Odkryto zabudowania, pozostałości przedmiotów z życia codziennego, ceramikę, odłamki narzędzi. Wszystko wskazywało na to, że w czasach Nowego Testamentu istniała tu rozwinięta, tętniąca życiem miejscowość. Na epokę rzymską wskazywała między innymi statuetka Wenus o znaczeniu kultycznym i przeznaczeniu religijnym.
Do kościoła św. Jana Chrzciciela w Ain Karem wchodzi się przez rodzaj wieży i w obrębie niej również było możliwe przeprowadzenie wykopalisk. Na terenie przylegającym do kościoła odkryto posadzki mozaikowe, typowe dla czasów bizantyjskich. Mozaiki miała również kaplica odkryta bezpośrednio na zachód od głównego kościoła. Wydaje się, że budowla ta miała jakiś związek z dwoma grobowcami wykutymi w skale. Jednak najbardziej znaczącym znaleziskiem była inskrypcja w języku greckim, która brzmiała: Chairesthe theuo martyres, co znaczy: „witajcie” lub „bądźcie pozdrowieni męczennicy Boży”. W inskrypcji nie pada żadne imię, brak jakiegokolwiek bliższego określenia. Ten niedługi napis przetrwał w formie nieuszkodzonej i zawarty jest w kształcie geometrycznym, zamknięty rombem. Nie wiadomo, o jakich męczenników chodzi, ponieważ w Ain Karem pod Jerozolimą nigdy taki kult nie rozpowszechnił się. Uczeni proponują różne hipotezy: jest to albo wezwanie ogólne męczenników, albo w ten sposób uczczono mnichów zamordowanych w walkach. Możliwe też, iż tak wspominano męczeńską śmierć św. Jana Chrzciciela.
Wydaje się, że właściwe znaczenie tej inskrypcji należy wyjaśnić w świetle źródeł literackich, a mianowicie na podstawie tradycji przekazanych nam przez pielgrzymów pierwszych wieków udających się do Ziemi Świętej. Mnich Epifaniusz (VIII-IX w.) pisze, że na zachód „od świętego Miasta są dwie groty, w których złożone są relikwie świętych młodzianków”. Święte Miasto to nic innego jak Jerozolima, a Ain Karem znajduje się na zachód od starego miasta w murach obronnych. Jest prawdopodobne, iż tamtejsze grobowce uważano za miejsce spoczynku świętych młodzianków.
Niewinni młodziankowie, męczennicy z Betlejem, pierwsi świadkowie Jezusa Chrystusa, którzy oddali za Niego swoje życie, byli znani z Ewangelii według św. Mateusza. „Herod widząc, że go Mędrcy zawiedli, wpadł w straszny gniew. Posłał oprawców do Betlejem i całej okolicy i kazał pozabijać wszystkich chłopców w wieku do lat dwóch, stosownie do czasu, o którym się dowiedział od Mędrców” (Mt 2,16-18). Była to nie tylko wzruszająca historia, ale ważne pouczenie o tym, jak wyznawcy Chrystusa mają być Jego świadkami. Być świadkiem Jezusa w pierwszych wiekach oznaczało jednocześnie być męczennikiem.
Pierwsi męczennicy byli wspominani w różnych epokach. Do dzisiaj zachowała się tradycja o młodziankach – męczennikach w grocie w Betlejem. W bezpośrednim sąsiedztwie groty Narodzenia znajdują się inne groty, w których wspominano różne tradycje bądź wydarzenia związane z Bożym Narodzeniem. Jest to np. grota św. Józefa, grota św. Heronima, który w Betlejem tłumaczył Pismo Święte na język łaciński, jest również grota niewinnych młodzianków.
Napis na mozaice głoszący: „Bądźcie pozdrowieni męczennicy Boży” można oglądać przez otwór w posadzce, na dnie wykopu, wchodząc do kościoła narodzenia św. Jana Chrzciciela.