Dar modlitwy otrzymał św. Franciszek wraz z łaską nawrócenia. Nie potrzebował żadnej szczegółowej techniki, aby wejść w zjednoczenie z Bogiem; wystarczyło mu słuchanie w głębi swego serca wezwania Bożego i całkowite otwarcie się na działanie Ducha Świętego. U niego modlitwa nie była ćwiczeniem normowanym przez porządek dnia; modlił się w każdej chwili, „czy ot gdy szedł, czy siedział, czy jadł, czy pił”, w dzień i w nocy (1 Cel 71). Nie pragnąc w swym kształtowanym według św. ewangelii życiu niczego innego, jak tylko w całej prostocie iść za Chrystusem i coraz bardziej być do Niego podobnym, z natury rzeczy Asyżanin był człowiekiem głębokiej modlitwy. I Jezus przecież za ziemskiego życia nie tylko głosił naukę i litował się nad ludzką nędzą, lecz również spędzał czas na modlitwie do Ojca: „Gdy to uczynił, wyszedł sam jeden na górę, aby się modlić. Wieczór zapadł, a On sam tam przebywał” (Mt 14,23); „Nad ranem, gdy jeszcze było ciemno, wstał, wyszedł i udał się na miejsce pustynne, i tam się modlił” (Mk 1,35); „Gdy raz modlił się na osobności, a byli z Nim uczniowie, zwrócił się do nich z zapytaniem: «Za kogo uważają Mnie tłumy?»” (Łk 9,18); „A sam oddalił się od nich na odległość jakby rzutu kamieniem, upadł na kolana i modlił się” (Łk 22,4). Ten przykład zobowiązywał Świętego z Asyżu. Nieustannie wpatrzony w Chrystusa i na Niego ukierunkowany, ciągle powracał do modlitwy. Modlitwa była w jego przypadku czynnikiem tak istotnym i decydującym, że Tomasz z Celano mógł pięknie napisać: „Cały stał się nie tyle człowiekiem modlącym się, co samą modlitwą” (2 cel 95).
Największym dążeniem Biedaczyny było „pozostać wolnym od wszystkiego, co jest na świecie, iżby nawet na jedną godzinę nie zburzyło mu pogody ducha coś, co uważał za proch i pył. Na wszystkie rozproszenia od zewnątrz okazywał się niewrażliwy i dlatego z całych sił pościągał zmysły zewnętrzne oraz trzymał na wodzy poruszenia ducha, przebywając z samym tylko Bogiem. Dlatego często wybierał miejsca samotne, aby całkowicie móc kierować ducha do Boga… Jego najpewniejszym portem była modlitwa, nie krótka na chwilę, nie pusta czy zarozumiałą, ale czasowo długa, pełna pobożności, pokornie łagodna. Jeśli ją zaczynał wieczorem, ledwo rano kończył. Modlił się chodząc, siedząc, jedząc i pijąc. Całe noce trwał na modlitwie w kościołach opuszczonych lub położonych na odludziu, przy czym wsparty łaską Bożą przezwyciężał liczne lęki i liczne uciski ducha” (1 cel 71). „Rzeczywiście, był bardzo stanowczy i nie zważał na nic, jak tylko na to, co należało do Pana” (1 Cel 72). „A modląc się w lasach i w samotniach – gaje napełniał jękami, ziemię zraszał łzami, ręką bił się w piersi” (2 Cel 95), cały oddawał się modlitwie. Modlił się do Boga ciałem i duszą. „Cały Mu się ofiarował, nie tylko sercem, ale i ciałem” (2 Cel 94).
Modlitwa Asyżanina była dialogiem „ze swoim Panem” (2 Cel 95). Celano zilustrował ów dialog z niezrównaną zwięzłością: „Tam odpowiadał Mu jako sędziemu, błagał Go jak ojca, rozmawiał jak z przyjacielem, cieszył się z oblubieńcem” (tamże). Wszystkie te relacje zachodzące pomiędzy chrześcijaninem a Bogiem wypełniały treścią i nadawały sens modlitwie Biedaczyny. „Rzeczywiście żeby ze wszystkich uczuć serca złożyć wielorako całopalną ofiarę, stawiał sobie przed oczy najwyższą jedność Boga w wielorakich postaciach” (tamże). Na takiej modlitwie raz po raz całkowicie zatapiał się w Bogu: „Często modlił się wewnętrznie, bez poruszania wargami, a skierowując to co zewnętrzne do wnętrza, podnosił ducha ku niebu. Już pierwsi bracia prosili usilnie Franciszka, „by ich nauczył modlić się” (1 Cel 45). Asyżanin potraktował tę prośbę bardzo poważnie i robił wszystko co w jego mocy, by wychować ich do modlitwy ustnej i myślnej. Przede wszystkim mieli się jej oddawać z całą gorliwością (ŻM IV,3). Obowiązek modlitwy podkreślają wielokrotnie obie reguły. Ponieważ w życiu zakonnym ogromną rolę odgrywała praca, zwłaszcza fizyczna, i powstawała obawa, by bracia się w niej nie zatracili z uszczerbkiem dla relacji z Bogiem, biedaczyna zamieścił w ostatecznej regule niezmiennie aktualne napomnienie: „Ci bracia, którym Pan dał łaskę, że mogą pracować, niech pracują wiernie i pobożnie, tak żeby uniknąwszy lenistwa, nieprzyjaciela duszy, nie gasili ducha świętej modlitwy i pobożności, któremu powinny służyć wszystkie sprawy doczesne” (RZ 5,1-2). Pragnieniem Świętego jest więc, by każda praca i każde zajęcie braci przepojone było duchem modlitwy, aby oddani we wszystkich czynnościach Bogu, stawali się jedną wielką ofiarą uwielbienia. Dotykamy tu istoty Franciszkowej nauki o modlitwie. W modlitwie chodzi nade wszytko o to, aby człowiek ogołocił się i oczyścił całkowicie z samego siebie, w ten sposób umożliwiając Bogu wzięcie go w niepodzielne posiadanie. Biedaczyna pragnie, aby bracia zwracali się do Boga na modlitwie „czystym sercem”, dlatego pisze: „Upominam zaś i zachęcam w Panu Jezusie Chrystusie, aby bracia wystrzegali się wszelkiej pychy, próżnej chwały, zazdrości, chciwości, trosk i zabiegów tego świata, obmowy i szemrania” (RZ 10,7). Często popadanie w takie występki wskazuje bardzo jednoznacznie, że danego człowieka cechuje egoizm, a wszelkie jego myśli dążenia i działania koncentrują się na własnym „ja”, a więc że poddany jest nieczystemu duchowi egoizmu – „duchowi ciała”. I odwrotnie – w im większym stopniu odkupiony człowiek przezwycięża te występki, tym swobodniej i łatwiej może go wypełnić duch Pański, ponieważ to modlitwa takiego człowieka płynie z czystego serca. Święty pisze: „Lecz przez świętą miłość, którą jest Bóg, proszę wszystkich braci… aby usunąwszy wszystkie przeszkody i odrzuciwszy wszystkie troski i kłopoty, czystym sercem i czystym umysłem jak najlepiej służyli Panu Bogu, kochali Go, wielbili i czcili; bo tego Bóg ponad wszytko pragnie. I przygotujmy w sobie zawsze mieszkanie i miejsce pobytu Temu, który jest Panem Bogiem wszechmogącym, Ojcem i Synem, i Duchem Świętym” (RN 22,26-27). Modlitewne zjednoczenie z Bogiem musi więc być poprzedzone oderwaniem się człowieka od samego siebie i od wszystkiego, co nie jest Bogiem. Franciszek wyciąga tu konsekwencje z tego, co sam usłyszał od Pana, kiedy zaczynał nawrócone życie; „jeśli chcesz Mnie poznać… wzgardź samym sobą” (2 Cel 9). Dopiero wtedy, gdy człowiek rezygnuje z samego siebie, gdy gardzi sobą, może na modlitwie poznać i kontemplować Boga. Asyżanin w Np 16 napisał: „«Błogosławieni czystego serca, bo oni będą oglądać Boga». Prawdziwie czystego serca są ci, którzy gardzą dobrami ziemskimi, szukają niebieskich i nie przestają nigdy czystym sercem i duszą uwielbiać i widzieć Pana Boga żywego i prawdziwego” (1-2). Modlitwa jest początkiem i końcem wszelkiego dobra – prowadzi bowiem do zjednoczenia z Bogiem, którego dostępuje tylko człowiek modlący się. Kto nie umie się modlić, nie zna Boga.
Kiedy czystość serca ludzkiego w połączeniu z uniżeniem się szukającego jej Boga sprawi, że wnętrze człowieka zajaśnieje kontemplacją Stwórcy, człowiek ten już nie odstąpi od modlitwy. Będzie się modlił zawsze i wszędzie, albowiem utraciwszy siebie, odnalazł Boga: „Miłujmy więc Boga i uwielbiajmy Go czystym sercem i czystym umysłem, bo On, tego ponad wszystkiego pragnąc, powiedział: «Prawdziwi czciciele będą czcić Ojca w duchu i prawdzie» i wychwalajmy Go i módlmy się w dzień i w nocy mówiąc: «Ojcze nasz, który jesteś w niebie», «bo zawsze powinniśmy się modlić i nie ustawać»” (2 LW 19-21). Niemal te same słowa napomnienia Franciszek zawarł w Regule Niezatwierdzonej: „Mówi (Bóg): «Czuwajcie więc i módlcie się w każdym czasie, abyście byli godni uniknąć wszelkiego zła, które nadejdzie, i stanąć przed Synem Człowieczym». «Gdy staniecie do modlitwy, mówcie: Ojcze nasz, któryś jest w niebie». I uwielbiajmy Go czystym sercem, bo trzeba zawsze modlić się i nie ustawać, «gdyż Ojciec szuka takich czcicieli. Bóg jest Duchem i Jego czciciele powinni oddawać Mu cześć w duchu i prawdzie»” (RN 22,27-31). Nieustająca modlitwa jest więc „modlitwą w Duchu”, dziełem Ducha Pańskiego, który spoczywa na czystym człowieku, aby „uczynić w nim sobie mieszkanie i miejsce pobytu” (2 LW 48). Duch ten modli się w nas, z nami i za nas, jak to poglądowo, choć może nie najzgrabniej ujął Biedaczyna: „A ponieważ my, nędzni i grzeszni, wszyscy razem nie jesteśmy godni wymówić Twego imienia, błagamy pokornie, aby Pan nasz Jezus Chrystus, Syn Twój umiłowany, który Tobie wielce podoba się, składał Ci za wszystko dzięki wraz z Duchem Świętym Pocieszycielem tak, jak Tobie i Jemu się podoba, On, który Ci zawsze za wszystko wystarcza, przez którego tyle dla nas uczyniłeś. Alleluja” (RN 23,5). Zdaniem Asyżanina modlący się człowiek zagrożony jest wielce tym, że ze swoim wysiłkiem będzie wiązał rzeczy pochodzące od Boga i jako własne osiągnięcie potraktuje efekty działania Bożego. Pisze o tym niebezpieczeństwie bardzo otwarcie i wskazuje drogi wyjścia: „Kiedy sługa Boży na modlitwie dozna jakiejś nowej pociechy, skutkiem nawiedzenia przez Pana, wtedy zanim zakończy modlitwę, winien wznieść swe oczy ku niebu i ze złożonymi rękami powiedzieć Panu: «Panie, tę pociechę i słodycz zesłałeś z nieba na mnie, niegodnemu grzesznikowi. Ja odsyłam Ci ją, abyś mi ją zachował, gdyż jestem rabusiem Twego skarbu»” (2 Cel 99). Świadomość zagrożenia, każe mu modlić się: „Panie, zabierz ode mnie Twe dobro na tym świecie i zachowaj mi je na życie przyszłe” (tamże). Taką modlitwę zanieść może tylko człowiek, który całkowicie wyrzekł się siebie i niczego już dla siebie nie pragnie i który również w najgłębszej sferze życia religijnego ma się na baczności przed samym sobą i swoją żądzą posiadania. Tu widać wyraźnie, że Franciszek pragnie być całkowicie ubogi także w modlitwie, że naprawdę chce żyć „bez własności” (RZ 1,1). Widać jednak również, że jego zdaniem ubóstwo jest w sferze modlitwy zagrożone nie mniej niż gdzie indziej: „Wielu jest takich, którzy oddając się gorliwie modlitwom i obowiązkom, nękają swe ciała licznymi postami i umartwieniami, lecz z powodu jednego tylko słowa, które zdaje się być krzywdą dla ich ciała lub z powodu jakiejś rzeczy, której się ich pozbawia, wzburzają się i wpadają w gniew. Ci nie są ubodzy duchem” (Np 14,2-4). Czysta modlitwa człowieka ubogiego urzeczywistnia w nim i za jego pośrednictwem królestwo Boże na ziemi.
Każdy z nas potrzebuje modlitwy. Modlitwa nas przemienia, obdarza Duchem Świętym. Gdy Jezus się modlił, wówczas Jego odzienie stało się lśniąco białe (Mk 9,3), wygląd Jego twarzy się odmienił (Łk 9,29). W czasie modlitwy jesteśmy więc przemieniani. Sami nie potrafimy się odmienić. Owszem, wysiłkiem woli możemy np. wcześniej wstać, ale już nie potrafimy dobrze myśleć o tych, którzy są nam nieprzychylni. To może bowiem dokonać w nas jedynie Duch Święty. Jest On nam udzielany najczęściej w czasie modlitwy. Sam Jezus nam to objawił. Gdy się modlił, wówczas „otworzyło się niebo i Duch Święty zstąpił na Niego” (Ł 3,21-22). Modlitwa jest oznaką pokory. Pokora jest motorem modlitwy. Pyszni się nie modlą, ponieważ myślą, że są samowystarczalni. Pokorni natomiast wiedzą, że muszą się modlić, chociaż nikt ich do tego nie zmusza. Modlitwa jest wyrazem także naszej więzi z Bogiem. Jeśli na kimś nam zależy, wówczas szukamy kontaktu z daną osobą, chcemy z nią rozmawiać. Podobnie jest w naszych relacjach z Bogiem. Modlitwa potwierdza, że pragniemy z Nim być. Natomiast brak modlitwy byłby dla nas przykrym znakiem, że staliśmy się wobec Niego oziębli. Wewnętrzna samotność okazałaby się wtedy nie do zniesienia. Modlitwa obdarza szczęściem.
Święty Bonawentura pisze o Franciszku: „mąż Boży pozostając sam i odzyskawszy spokój, przepełniał płaczem lasy i skrapiał łzami różne miejsca, bił się w piersi i w najbardziej ukrytych miejscach poufale rozmawiał z Panem. Tam odpowiadał Sędziemu, tam błagał Ojca, tam rozmawiał z Przyjacielem. Tam też był obserwowany przez braci, gdy usłyszeli głośny płacz, bo tak wstawiał się do Bożej łaskawości za grzesznikami i głośno użalał się, jak gdyby był obecny przy Męce Pana. Tam widziano go modlącego się w nocy z rozkrzyżowanymi rękoma, uniesionego nad ziemią i otoczonego jakby błyszczącą mgiełką, będącą zewnętrznym znakiem tego, co w przedziwny sposób działo się w jego duszy” (ŻW X,4).
Modlitwa jednoczy nas z Bogiem. Jego pokój udziela się także nam. Przestajemy się lękać. Otrzymujemy odporność na ciosy. Wchodzimy jakby w głębię skały, która daje poczucie bezpieczeństwa. Doświadczamy, że Bóg jest naszą tarczą (por. Ps 3,4). Chcąc zachować w sobie te dobrodziejstwa, koniecznie trzeba nam pielęgnować stałość w modlitwie. Rodzi ona coraz większą zażyłość z Bogiem. Zazwyczaj trudno nam rozmawiać z osobą nieznajomą lub rzadko spotykaną. Zdarza się, że już po kilku zdaniach dotyczących pogody, temat się wyczerpuje. Jeśli nie ma stałości w kontaktach, to nawet więzy pokrewieństwa i przyjaźni rozluźniają się. Dlatego też jest rzeczą konieczną mieć także pewne stałe chwile przeznaczone na modlitwę. – Modlitwa domaga się też od nas odpowiedniej dyspozycji wewnętrznej. Seret dobrej modlitwy odsłania nam Jezus: „A kiedy stajecie do modlitwy przebaczcie, jeśli macie co przeciw komu” (Mk 11,25). Życie potwierdza, że można się długo modlić i jednocześnie żywić do kogoś niechęć, czy wręcz odrazę. Taka modlitwa nie dotrze do nieba. Nie przebije sufitu miejsca, gdzie się modlimy. Zatrzyma się na poziomie naszych ust. Modlitwa, jeśli ma być skuteczna, musi być przeniknięta miłosierdziem. Nie może nikogo wykluczać. – Bogu szczególnie jest miła modlitwa wstawiennicza, szczególnie za grzeszników. Modlitwa ta szczególnie drażni złego ducha. – Modlitwa karmi się chlebem Słowa Bożego. Słowo Boże ożywia modlitwę i nas egzorcyzmuje, czyli oddala złego ducha. Ojcowie pustyni nauczali, że mało się modli ten, kto się modli jedynie na kolanach. W ten sposób zwracali uwagę, by się nie ograniczać tylko do wyznaczonych modlitw. Zachęcali do trwania w Bogu także pośród zajęć. Szczególnie polecali modlitwę Jezusową, czyli taką, która zawiera imię Jezus, nap. modlitwę ślepca: „Jezusie, Synu Dawida, ulituj się nade mną” (Mk 10,47). Przykładem tej modlitwy jest także wołanie: „Jezu, ufam Tobie”. Modlitwa Jezusowa jest krótka, można ją wielokrotnie powtarzać w różnych porach dnia, także pośród wykonywanej pracy. Zły duch odczuwa wobec niej lęk, boi się bowiem imienia „Jezusa”. Modlitwa Jezusowa jest jak strzałą, która przebija niebiosa i dociera do Bożego tronu. Niech stanie się dla nas codziennym pokarmem i rodzi w nas pragnienie przebywania z Bogiem.
Zazwyczaj tłumaczymy się, że nie mamy czasu na modlitwę, przytłacza nas bowiem brzemię obowiązków. Zauważamy jednak, że kobiety w stanie błogosławionym ograniczają swoją aktywność. Noszą bowiem w sobie nowe życie. Ich przykład domaga się, byśmy odkrywali w sobie cichą obecność Boga, który żyje w nas. Wówczas będzie nam łatwiej zatrzymać się, aby być z Nim i doświadczyć tego, że z Jezusem idę wszędzie, obecność Jego towarzyszy mi wszędzie. – Modlitwa domaga się wytrwałości. Księga Wyjścia (17,8-13) opisuje bój Izraelitów z Amalekitami. Okazało się, że zwycięstwo zależało nie od uczestniczących bezpośrednio w walce, lecz od Mojżesza, który był na górze i wznosił ręce do Boga. „Jak długo Mojżesz trzymał ręce podniesione do góry, Izrael miał przewagę. Gdy zaś ręce opuszczał, miał przewagę Amalekita” (w. 11). Ostatecznie zwyciężyli Izraelici, ponieważ ręce Mojżesza – chociaż drętwiały ze zmęczenia – to jednak były wytrwale podtrzymywane przez Aarona i Chura (w. 12). Z przytoczonego powyżej wydarzenia z historii zbawienia jasno wynika, że modlitwa jest ciężką i wytrwałą pracą. Dlatego jej symbolem są wzniesione do góry ręce. Szybko one drętwieją i spontanicznie opadają. Jest w nas pokusa, by skracać modlitwę, zwłaszcza wtedy, gdy nas nuży, gdy nasze myśli mijają się z Bogiem.
Większość modlitewnej spuścizny Franciszka to modlitwy pochwalne. Bardzo usilnie nawołuje do wielbienia Najwyższego. Oddawać Bogu chwałę „z powodu Jego samego” (RN 23,1) to największa rzecz, do której powołany jest człowiek. Wprawdzie całe franciszkańskie życie winno być pochwałą Boga i zachętą do niej dla innych ludzi, ale jest rzeczą niezmiernie istotną, aby pochwała ta znajdowała też nieustannie swój bezpośredni wyraz w modlitwie. Modlitwa pochwalna jest zarazem modlitwą pokutną, albowiem „kiedy widzimy lub słyszymy, że (ludzie) źle mówią lub źle czynią albo bluźnią Bogu, my błogosławmy i dobrze czyńmy, i chwalmy Boga, który jest błogosławiony na wieki„ (RN 17,19). Modlitwa pochwalna osiąga kulminację w uwielbieniu Boga. W uwielbieniu Boga człowiek nigdy nie sięgnie ostatecznych granic, albowiem Bóg owej miłości i czystości pragnie ponad wszytko (2 LW 19). Modlitwa dziękczynna i błagalna nie powinna koncentrować się na własnych mniejszych potrzebach, troskach i dążeniach, lecz zwracać się raczej ku wielkim sprawom królestwa Bożego i powszechnego zbawienia w pragnieniu, aby we wszystkim i przez wszystko uwielbiony został Bóg. Modlitwa błagalna powinna dotyczyć przede wszystkim problemów świata, Kościoła i królestwa Bożego, aby we wszystkim zrealizować się mogła Boża chwała.
Z miłosnego dialogu z Bogiem w sposób naturalny wynika miłosne posłuszeństwo, które jak czytamy, było tak charakterystyczne dla Franciszka: „Nie był bowiem głuchym słuchaczem ewangelii, ale wszytko, co słyszał, zachowywał w chwalebnej pamięci i starał się wypełnić dokładnie, co do litery (1 Cel 22). Modlitwa powinna pokrywać się z życiem. Człowiek modlitwy nie może mieć dwóch twarzy. Uczciwe życie i modlitwa muszą się nawzajem przenikać i uzupełniać. Przede wszystkim na tej podstawie, że w centrum obydwu stoi Bóg, a nie człowiek.