Tomasz z Celano opisuje wskrzeszenie pewnej kobiety, która żywiła szczególnego rodzaju nabożeństwo do Biedaczyny z Asyżu. Owa kobieta zmarła z niewyznanym grzechem śmiertelnym. „W grodzie Monte Marano koło Benewentu pewna kobieta szlachetna rodem, a jeszcze szlachetniejsza cnotą, miała szczególne nabożeństwo do św. Franciszka i ofiarowała mu swoją służbę pełną czci. Ciężko zachorowała i doszedłszy do kresu, podzieliła los wszystkich istot cielesnych. Zmarła koło zachodu słońca. Pogrzeb odłożono na jutro, aby mogło zebrać się liczne towarzystwo drogich osób. W nocy przyszli księża dla odśpiewania egzekwii i wigilii razem z psalmami. Gromada modlących się obojga płci stała wokoło. Nagle, na oczach wszystkich, kobieta podnosi się na łóżku i woła jednego z obecnych kapłanów, swego ojca chrzestnego, mówiąc: «Ojcze, chcę się wyspowiadać, wysłuchaj mego grzechu! Bo ja umarłam i miałam być przeznaczona na ciężkie więzienie, ponieważ nigdy nie wyspowiadałam się z grzechu, który ci wyznam. Ale św. Franciszek, którego zawsze jak najbardziej czciłam, prosił za mną, dlatego pozwolono mi wrócić teraz do ciała, żebym po wyznaniu owego grzechu zasłużyła na przebaczenie. I otóż po wyjawieniu ci go, wobec was patrzących, pospieszę do przyobiecanego wiecznego spoczynku». Tak więc, drżąc przed drżącym kapłanem, wyspowiadała się, otrzymała rozgrzeszenie, spokojnie położyła się do łóżka i szczęśliwie umarła w Panu. Któż przeto zdoła znaleźć godne chwalby dla wysławienia litościwej dobroci Chrystusa? Kto potrafi wyśpiewać godnym hymnem moc spowiedzi i zasługi Świętego?” (3 Cel 40).
Pan Jezus, lekarz naszych dusz i ciał, który odpuścił grzechy paralitykowi i przywrócił mu zdrowie ciała, chciał, by Kościół mocą Ducha Świętego kontynuował Jego dzieło uzdrawiania i zbawiania, które obejmuje także jego członki. Jest to celem dwóch sakramentów uzdrowienia: sakramentu pokuty i namaszczenia chorych. „Ci, którzy przystępują do sakramentu pokuty, otrzymują od miłosierdzia Bożego przebaczenia zniewagi wyrządzonej Bogu i równocześnie dostępują pojednania z Kościołem, któremu, grzesząc, zadali ranę, a który przyczynia się do ich nawrócenia miłością, przykładem i modlitwą” (LG 11). – Grzech jest przede wszystkim obrazą Boga, zerwaniem jedności z Nim. Narusza on równocześnie komunię z Kościołem. Dlatego też nawrócenie przynosi przebaczenie ze strony Boga, a także pojednanie z Kościołem, co wyraża i urzeczywistnia w sposób liturgiczny sakrament pokuty i pojednania. Tylko Bóg przebacza grzechy (Mk 2,7). Jezus mówi o sobie: „Syn Człowieczy ma na ziemi władzę odpuszczania grzechów (Mk 2,10). Ponadto na mocy swego Boskiego autorytetu, Jezus daje tę władzę ludziom (J 20,21-23), by ją wykonywali w Jego imieniu. Wykonywanie władzy odpuszczania grzechów powierzył Chrystus władzy apostolskiej, której została zlecona „posługa jednania” (2 Kor 5,18). Apostoł jest posłany „w imię Chrystusa”, przez niego „sam Bóg” wzywa i prosi: „Pojednajcie się z Bogiem!” (2 Kor 5,20).
Jezus ustanowił sakrament pokuty dla wszystkich grzeszników w Kościele, a przede wszystkim dla tych, którzy po chrzcie popełnili grzech ciężki i w ten sposób utracili łaskę chrztu oraz zadali ranę komunii kościelnej. Sakrament pokuty daje im nową możliwość nawrócenia się, odzyskania łaski usprawiedliwienia. Bóg dokonuje pojednania grzeszników przez Swojego Syna i dar Ducha Świętego, za pośrednictwem modlitwy i posługi Kościoła: „Bóg, Ojciec miłosierdzia, który pojednał świat ze sobą przez śmierć i zmartwychwstanie swojego Syna i zesłał Ducha Świętego na odpuszczenie grzechów, niech ci udzieli przebaczenia i pokoju przez posługę Kościoła. I ja odpuszczam tobie grzechy w imię Ojca i Syna, i Ducha Świętego”.
Pokuta obowiązuje grzesznika do dobrowolnego przyjęcia wszystkich jej elementów: żalu za grzechy w sercu, wyznania ustami głębokiej pokory, czyli owocnego zadośćuczynienia w postępowaniu. Żal za grzechy jest to ból duszy i znienawidzenie popełnionego grzechu z postanowieniem niegrzeszenia w przyszłości. Do przyjęcia sakramentu spowiedzi św. należy przygotować się przez rachunek sumienia, przeprowadzony w świetle słowa Bożego. Wyznanie grzechów (spowiedź), nawet tylko z ludzkiego punktu widzenia, wyzwala nas i ułatwia nasze pojednanie z innymi. Przez spowiedź człowiek patrzy w prawdzie na popełnione grzechy, bierze za nie odpowiedzialność, a przez to na nowo otwiera się na Boga i na komunię Kościoła, by umożliwić nową przyszłość. Wyznanie grzechów wobec kapłana stanowi istotną część sakramentu pokuty. Na spowiedzi penitenci powinni wyznawać wszystkie grzechy śmiertelne, których są świadomi po dokładnym zbadaniu siebie, chociaż byłyby najbardziej skryte. Gdy wierni Chrystusa starają się wyznać wszystkie grzechy które sobie przypominają, niewątpliwie przedstawiają je wszystkie Bożemu miłosierdziu. Ci, którzy postępują inaczej i świadomie ukrywają niektóre grzechy, nie przedkładają dobroci Bożej tego, co mogłaby ona odpuścić za pośrednictwem kapłana. Święty Hieronim poucza penitenta: „Jeśli bowiem chory wstydzi się odkryć ranę lekarzowi, sztuka lekarska tego nie uleczy, czego nie rozpozna”.
Zgodnie z przykazaniem kościelnym: „każdy wierny, po osiągnięciu wieku rozeznania, obowiązany jest przynajmniej raz w roku wyznać wiernie wszystkie swoje grzechy ciężkie: (KPK, kan. 989). Ten kto ma świadomość popełnienia grzechu śmiertelnego, nie powinien przyjmować Komunii św., nawet jeśli przeżywa wielką skruchę, bez uzyskania wcześniej rozgrzeszenia sakramentalnego, chyba że ma ważny motyw przyjęcia Komunii, a nie ma możliwości przystąpienia do spowiedzi. Wyznawanie codziennych win (grzechów powszednich) nie jest ściśle konieczne, niemniej jest przez Kościół gorąco zalecane. Istotnie, regularne spowiadanie się z grzechów powszednich pomaga nam kształtować sumienie, walczyć ze złymi skłonnościami, poddawać się leczącej mocy Chrystusa i postępować w życiu Ducha. Częściej otrzymując przez sakrament pokuty dar miłosierdzia Ojca, jesteśmy przynaglani, by być – jak On – miłosierni (Łk 6,36). „Ten, kto wyznaje swoje grzechy, już działa razem z Bogiem. Bóg osądza twoje grzechy; jeśli ty także je osądzasz, jednoczysz się z Bogiem. Człowiek i grzesznik to w pewnym sensie dwie rzeczywistości, gdy jest mowa o człowieku, uczynił go Bóg; gdy mowa jest o grzeszniku, uczynił go człowiek. Zniszcz to, co ty uczyniłeś, aby Bóg zbawił to, co On uczynił… Gdy zaczynasz brzydzić się tym, co uczyniłeś, wówczas zaczynają się twoje dobre czyny, ponieważ osądzasz swoje złe czyny. Początkiem dobrych czynów jest wyznanie czynów złych. Czynisz prawdę i przychodzisz do światła” (Św. Augustyn).
Wiele grzechów przynosi szkodę bliźniemu. Należy uczynić wszystko, co możliwe, aby ją naprawić (na przykład oddać rzeczy ukradzione, przywrócić dobrą sławę temu, kto został oczerniony, wynagrodzić krzywdy). Wymaga tego zwyczajna sprawiedliwość. Ponadto grzech rani i osłabia samego grzesznika, a także jego relacje z Bogiem i z drugim człowiekiem. Rozgrzeszenie usuwa grzech, ale nie usuwa wszelkiego nieporządku, jaki wprowadził grzech. Grzesznik podźwignięty z grzechu musi jeszcze odzyskać pełne zdrowie duchowe. Powinien zatem zrobić coś więcej, by naprawić swoje winy: powinien „zadośćuczynić” w odpowiedni sposób lub „odpokutować” za swoje grzechy. To zadośćuczynienie jest nazwane także „pokutą”. Pokuta, którą nakłada spowiednik, powinna uwzględniać sytuację osobistą penitenta i mieć na celu jego duchowe dobro. O ile to możliwe, powinna odpowiadać ciężarowi i naturze popełnionych grzechów. Może nią być modlitwa, jakaś ofiara, dzieło miłosierdzia, służba bliźniemu, dobrowolne wyrzeczenie, cierpienie, a zwłaszcza cierpliwa akceptacja krzyża, który musimy dźwigać. Tego rodzaju pokuty pomagają nam upodobnić się do Chrystusa, który raz na zawsze odpokutował za nasze grzechy (Rz 3,25); pozwalają nam stać się współdziedzicami Chrystusa Zmartwychwstałego, „skoro wspólnie z Nim cierpimy” (Rz 8,17). Zadośćuczynienie, które spłacamy za nasze grzechy, nie jest do tego stopnia „nasze”, by nie było dokonane dzięki Jezusowi. Sami z siebie nic bowiem nie możemy uczynić, ale „wszystko możemy w tym, który nas umacnia” (Flp 4,13). W ten sposób człowiek niczego nie ma, z czego mógłby się chlubić, lecz całą nasza „chluba” jest w Chrystusie… w którym czynimy zadośćuczynienie, „wydając owoce godne nawrócenia” (Łk 3,8), mające moc z Niego, przez Niego ofiarowana Ojcu i dzięki Niemu przyjęte przez Ojca.
Na mocy sakramentu święceń biskupi i kapłani mają władzę odpuszczania wszystkich grzechów „w imię Ojca i Syna, i Ducha Świętego”. Przebaczenie grzechów jedna z Bogiem, ale także z Kościołem. Kapłani, jako współpracownicy biskupa, pełnią tę posługę, o ile otrzymali misję albo od swojego biskupa (czy przełożonego zakonnego), albo od papieża, zgodnie z prawem Kościoła (KPK, kan. 844). Niektóre grzechy, szczególnie ciężkie, objęte są ekskomuniką, najsurowszą karą kościelną, która nie pozwala na przyjmowanie sakramentów i wykonywanie pewnych aktów kościelnych. Według prawa kanonicznego rozgrzeszenia z tych grzechów może udzielić tylko papież, miejscowy biskup lub upoważnieni przez nich kapłani (KPK, kan. 1331). W przypadku niebezpieczeństwa śmierci każdy kapłan, nawet pozbawiony prawa spowiadania, może rozgrzeszyć z każdego grzechu (KPK, kan. 976) i z każdej ekskomuniki. Udzielając sakramentu pokuty, kapłan wypełnia posługę Dobrego Pasterza, który szuka zagubionej owcy; posługę dobrego Samarytanina, który opatruje rany; ojca, który czeka na syna marnotrawnego i przyjmuje go, gdy powraca; sprawiedliwego Sędziego, który nie ma względu na osobę i którego sąd jest sprawiedliwy, a równocześnie miłosierny. Kapłan jest znakiem i narzędziem miłosiernej miłości Boga względem grzesznika. Kapłan powinien modlić się za penitenta i pokutować, powierzać go miłosierdziu Pana. Kościół oświadcza, że każdy spowiednik zobowiązany jest pod bardzo surowymi karami do zachowania absolutnej tajemnicy odnośnie do grzechów wyznanych przez penitentów. Nie może on również wykorzystywać wiadomości o życiu penitentów, jakie uzyskał w czasie spowiedzi. Tajemnica ta, która nie dopuszcza żadnych wyjątków, nazywa się „pieczęcią sakramentalną”, ponieważ to, co penitent wyznał kapłanowi, zostaje „zapieczętowane” przez sakrament.
Celem i skutkiem sakramentu pokuty jest pojednanie z Bogiem. U tych, którzy przyjmują ten sakrament z sercem skruszonym i z religijnym nastawieniem, „zwykle nastają po nim pokój i pogoda sumienia wraz z wielką pociechą duchową. Istotnie, sakrament pojednania z Bogiem daje prawdziwe „zmartwychwstanie duchowe”, przywrócenie godności i dóbr życia dzieci Bożych. Najcenniejszym z tych dóbr jest przyjaźń z Bogiem (Łk 15,32). Sakrament pokuty jedna nas z Kościołem. Grzech narusza lub zrywa wspólnotę braterską. Spowiedź naprawia ją lub przywraca. Grzesznik przywrócony do komunii świętych lub utwierdzony w niej, zostaje umocniony przez wymianę dóbr duchowych między wszystkimi pielgrzymującymi jeszcze żywymi członkami Ciała Chrystusa, a także tymi, którzy już odeszli do ojczyzny niebieskiej (LG, 48-50). W Sakramencie pokuty grzesznik, poddając się miłosiernemu sądowi Boga, uprzedza w pewien sposób sąd, któremu zostaje poddany na końcu życia ziemskiego. Już teraz bowiem, w tym życiu, jest nam dana możliwość wyboru miedzy życiem a śmiercią, i tylko idąc drogą nawrócenia, możemy wejść do Królestwa, z którego wyklucza grzech ciężki (1 Kor 5,11; Ga 5,19-21). Nawracając się do Chrystusa przez pokutę i wiarę, grzesznik przechodzi ze śmierci do życia i „nie idzie na sąd” (J 5,24). Przez odpusty wierni mogą otrzymać dla siebie, a także dla dusz w czyśćcu, darowanie kar doczesnych, będących skutkiem grzechów.
Według św. Franciszka „słudze Bożemu tylko jedno nie powinno się podobać: grzech” (Nap 11,1). Grzech pozbawia człowieka godności sługi Bożego; niszczy królestwo Boże; sprawia, że znika z jego oczu wielki cel. Grzech to uzurpowanie sobie tego, co człowiekowi nie przystoi, zamach na Boże prerogatywy. Człowiek grzeszy, tak jak Adam w raju, jeśli „przywłaszcza sobie swoja wolę i wynosi się z dobra, jakie Pan mówi i działa w nim” (Nap 2,3). Nieposłuszeństwo stanowi zatem pierwszą podstawową strukturę wszelkiego grzechu, gdyż przez grzech człowiek bierze w posiadanie własną wolę wbrew Bogu. Grzech polega więc na przywłaszczaniu. Grzechem jest także przypisywanie samemu sobie działania Bożego. Kto przez „złą pożądliwość i złe pragnienia” odstępuje od porządku Bożego i zbacza z drogi Chrystusa, ten musi ponieść karę”. Sam siebie bowiem wyłącza ze wspólnoty z Bogiem i staje się sługą diabła (RN 22,7). Dlatego człowiek, który chce pozostać sługą Bożym, nie może znajdować upodobania w najmniejszym nawet grzechu. Asyżanin przestrzega przed „złością i przebiegłością szatana, który nie chce, aby człowiek miał umysł i serce skierowane do Pana” (RN 22,19). „Troski i zabiegi tego świata oślepiają i zamykają na Boga serca ludzkie” (RN 22,25). Biedaczyna jest świadom, że nie jesteśmy zdani na łaskę i niełaskę ciemnych mocy. Ostatecznie to sam człowiek wybiera grzech i traci Boga: „Wielu jest takich, którzy, grzesząc lub doznając krzywdy, składają winy na nieprzyjaciela lub bliźniego. Lecz nie tak jest: każdy bowiem ma w swej mocy nieprzyjaciela, mianowicie ciało, przez które grzeszy. Dlatego błogosławiony ten sługa, który mając w swej władzy takiego nieprzyjaciela, będzie zawsze trzymał go związanego i roztropnie miał się przed nim na baczności. Dopóki bowiem tak będzie postępował, żaden inny nieprzyjaciel, widzialny czy niewidzialny, nie będzie mógł mu szkodzić” (Nap 10). Człowiek odkupiony został przez krzyż Chrystusa. „I wszystkie stworzenia, które są pod niebem, służą na swój sposób Stwórcy, uznają Go i słuchają lepiej niż ty. I nawet złe duchy nie ukrzyżowały Go, lecz to ty wraz z nimi ukrzyżowałeś Go i krzyżujesz nadal przez upodobanie w wadach i grzechach” (Nap 5,2-3). Grzech niweczy pokój, który cierpiąc i umierając wysłużył nam Chrystus, ponieważ grzeszący człowiek popada znowu w nieposłuszeństwo. Przez grzech człowiek odstępuje od przymierza z Bogiem zbudowanego na krwi Chrystusa i zawiera zgodne przymierze ze złymi duchami. Biedaczyna wnika głęboko w istotę grzechu, który jest niezmiennie aktualnym zagrożeniem, i zabija żyjącego w nas Chrystusa. Dlatego i w sobie, i w braciach przez każdą modlitwę w kościele czy przed wizerunkiem krzyża Asyżanin nieustannie podsyca wdzięczność za odkupieńczą moc cierpień Chrystusa: „Wielbimy Cię, Panie Jezus Chryste, tu i we wszystkich kościołach Twoich, które są na całym świecie i błogosławimy Tobie, że przez święty krzyż Twój odkupiłeś świat” (T 5). Odkupienie od grzechu jest jednak człowiekowi ofiarowane ciągle na nowo w sakramencie pokuty. „I bracia moi umiłowanie, tak klerycy, jak nieklerycy, niech wyznają swoje grzechy przed kapłanami naszego zakonu. A jeśli to niemożliwe, niech się spowiadają u innych roztropnych i katolickich kapłanów, dobrze wierząc i pamiętając, że jeśli jakiś kapłan katolicki da im rozgrzeszenie i pokutę, otrzymują z pewnością rozgrzeszenie z tych grzechów, z których się wyspowiadali, jeśli tylko postarają się nałożoną pokutę wypełnić pokornie i wiernie” (RN 20,1-2).