Kanonizacja (łac. Canonizatio – ogłoszenie świętym) jest ot oficjalne uznanie przez Stolicę Apostolską świętości życia konkretnej osoby ludzkiej z racji osiągnięcia przez nią doskonałości moralnej w stopniu heroicznym (wyznawca) lub oddania swego życia za Chrystusa (męczennik), polegające na uznaniu jej przez papieża za osobę godną kultu publicznego w Kościele powszechnym i wpisaniu do katalogu świętych. Papież formalnym dekretem wpisuje sługę Bożego do katalogu świętych i poleca czcić w całym Kościele poprzez akty kultu należne świętym przez odmawianie oficjum (godziny kanoniczne) i odprawianie mszy w określonym dniu.
Święty Bonawentura pisze: „Tenże Pasterz Kościoła (Grzegorz IX) nie tylko na podstawie wiadomości o cudach dokonanych po śmierci Franciszka, ale również na podstawie własnego doświadczenia, ponieważ na własne oczy widział i niejako własnymi rękoma dotykał jego cudownej świętości życia, wcale nie wątpił, że Pan obdarzył go chwałą nieba i mocno w to wierzył. Po nabożnej rozwadze, słusznie zdecydował, aby zgodnie z wolą Chrystusa, którego był zastępcą, wsławić Franciszka również na ziemi, jako tego, który najbardziej zasługiwał na oddawanie mu czci. Jednakowoż, aby upewnić się przed całym światem, że słuszna jest jego myśl o kanonizacji najświętszego człowieka, polecił znane cuda, dokumentowane i potwierdzone przez kompetentnych świadków jeszcze raz zbadać tym kardynałom, którzy wydawali się być mniej przychylni jego zamiarowi. Gdy zostały one pilnie zbadane i przez wszystkich potwierdzone, postanowił dokonać kanonizacji za wspólną zgodą i radą swoich braci w biskupstwie i wszystkich prałatów, będących wówczas w Kurii Rzymskiej. Przybył więc osobiście do Asyżu w roku 1228 od Wcielenia Pańskiego i 16 lipca, w niedzielę, bardzo uroczyście, co byłoby zbyt długie do opisania, zaliczył błogosławionego Ojca w poczet świętych” (ŻW XV,7).
Franciszek zmarł 3 października 1226 roku i następnego dnia w niedzielę pochowano go w kościele św. Jerzego. W sześć miesięcy później kardynał Hugolin, który był przyjacielem i doradcą Biedaczyny, został wybrany papieżem i przyjął imię: Grzegorz IX. Jako świadek życia Asyżanina pragnął ogłosić jego świętość całemu Kościołowi. Bezzwłocznie rozpoczęty proces kanonizacyjny zakończył się 16 lipca 1228 r. uroczystą ceremonią w kościele św. Jerzego w Asyżu, w czasie której papież zaliczył Franciszka w poczet świętych. Papież Grzegorz IX, wśród wielu spraw swego pontyfikatu postawił na pierwszym planie 3 sprawy związane z Franciszkiem, mianowicie sprawę rozpoczęcia i przeprowadzenia jego procesu kanonizacyjnego, znalezienia odpowiedniego pisarza – hagiografa, który za świeżej pamięci i w oparciu o jeszcze żyjących świadków napisałby życiorys Biedaczyny, wreszcie sprawę wybudowania kościoła dla uczczenia nowego Świętego i przeniesienia tam jego relikwii.
Pierwszą sprawę udało się przeprowadzić szybko i już w niecałe 2 lata po śmierci Asyżanina, w obecności jeszcze żyjącej matki Piki, wpisał Biedaczynę w poczet Świętych Kościoła Katolickiego. Drugą sprawę powierzył i zalecił wykonać sumiennie br. Tomaszowi z Celano. W ten sposób na zlecenie papieża powstał Pierwszy życiorys, zwany także Legenda prima. Trzecią sprawą z woli papieża miał się zająć br. Eliasz, ówczesny generał Zakonu. Wkrótce po zakończeniu uroczystości kanonizacyjnych wybrano jako miejsce nowego sanktuarium śmietnisko, poza murami miasta, które dotąd nosiło nazwę Piekielne wzgórze. Odkąd spoczęło tam ciało św. Franciszka, miejsce to zaczęto nazywać Wzgórzem Rajskim. Ponoć swego czasu Biedaczyna wyraził życzenie, że chciałby być pogrzebany na Piekielnym Wzgórzu, gdyż jest największym grzesznikiem, a jego Mistrz i Zbawiciel Chrystus był ukrzyżowany wśród złoczyńców na wzgórzu Trupiej Głowy – Golgocie – wzgórzu skazańców. – Brat Eliasz, znany jako świetny organizator, okazał się teraz wspaniałym artystą – architektem. W dwa lata po kanonizacji (1230) teren był już zniwelowany i zakończono konstrukcję kościoła dolnego. Prace były prowadzone energicznie i budowa dolnego kościoła została prawie ukończona w lipcu 1230 r.; troszkę wcześniej, 25 maja tegoż roku, przeniesiono tu ciało św. Franciszka. W 1236 roku kościół górny został nakryty; a w 1239 r. ukończono dzwonnicę i zawieszono w niej pierwsze dzwony. W roku 1246 zarząd miasta Asyżu ustalił granice placu górnego przed bazyliką i zabronił wznosić tam jakiejkolwiek budowli, aby zachować piękno perspektywy całego obiektu. W 1253 r. papież Innocenty IV przybył osobiście dokonać konsekracji obydwu kościołów. Dzisiaj klasztor i Bazylika stanowią piękną architektoniczną całość obejmującą wiele krużganków, kaplic, a nade wszystko relikwie św. Franciszka i jego pierwszych współbraci. Dla Polaków bazylika, św. Franciszka jest tym droższa , że tutaj także odbyła się uroczystość kanonizacyjna św. Stanisława Szczepanowskiego, a wśród malowideł jest też fresk ścienny przedstawiający wskrzeszenie Piotrowina.
Biedaczyna Asyski, który Panu odnawiał kapliczki i żywe kościoły ludzkich serc, otrzymał na wieczny spoczynek wspaniały kościół, choć sam jego grób jest bardzo skromny, wprost ubogi. 25 maja 1230 r. miało miejsce uroczyste przeniesienie ciała Świętego do nowej bazyliki, jemu poświęconej. Przygotowano specjalny powóz ciągnięty przez kilka par wołów, przykrytych purpurą. Na powozie umieszczono sarkofag z cenną relikwią. Pochód przeszedł głównymi ulicami Asyżu. Kiedy zbliżył się do bazyliki, grupa rycerzy, przysłana przez władze miejskie w porozumieniu z br. Eliaszem, podeszłą do powozu, wzięła sarkofag i wniosła go o do świątyni, zamykając natychmiast drzwi przed braćmi i całym ludem, biorący udział w uroczystości. Br. Eliasz ukrył ciało św. Franciszka w otworze wydrążonym w skale pod głównym ołtarzem kościoła dolnego. aż do czasów papieża Sykstusa IV (1471-1484), franciszkanina, można było zobaczyć ciało Świętego dzięki małemu korytarzykowi podziemnemu, który prowadził do samego sarkofagu. Przywileju tego udzielano rzadko i tylko wiekim osobistościom, np. papieżom i ministrom generalnym zakonu podczas ich wizyty w klasztorze. Prawdopodobnie za pontyfikatu wspomnianego papieża zamurowano ów korytarzyk i odtąd grób stał się zupełnie niedostępny.
Dopiero pod koniec 1818 r., za pozwolenie papieża Piusa VII, zaczęto poszukiwania grobu. Odkryto go 12 grudnia tegoż roku po 52 mozolnych nocach (prace były prowadzone pod posadzką i nocami ze względu na bezpieczeństwo oraz by nie stwarzać sensacji). po kanonicznej rekognicji szczątki śmiertelne św. Franciszka zawinięto w jedwabne sukno i złożono do mosiężnej trumny, pokrytej wewnątrz cienką warstwą złota, zamkniętej na dwa klucze, z których jeden (w formacie „S”) został powierzony kustoszowi klasztoru, drugi natomiast (w formie „F”) – biskupowi Asyża. Niezwłocznie przystąpiono do budowy krypty pod kościołem dolnym, w miejscu, gdzie odkryto grób. Prace trwały 5 lat. 4 października 1824 r. przeniesiono doczesne szczątki Biedaczyny z zakrystii, gdzie były przechowywane podczas budowy krypty, i złożono je w dawnym miejscu. Mosiężna trumna spoczęła w kamiennym sarkofagu (tym pierwotnym, jeszcze z kościoła św. Jerzego). U góry i u dołu sarkofagu położono z powrotem dwie żelazne kraty ,połączone ze sobą żelaznymi prętami i zalutowane w dziesięciu miejscach.
24 stycznia 1978 r. na mocy specjalnej autoryzacji papieża Pawła VI, ponownie otwarto grób św. Franciszka. Chodziło przede wszystkim o lepsze jego zabezpieczenie, gdyż dotychczasowe zamkniecie sarkofagu nie dawało należytej gwarancji. (Piszący w tym czasie był w Asyżu i na własne oczy widział i całował modląc się relikwie Biedaczyny!) Po dokonaniu nowej rekognicji szczątki święte Asyżanina złożono w przeźroczystej trumnie z plexiglasu, hermetycznie zamkniętej. Tę umieszczono z kolei w poprzedniej trumnie metalowej (zamkniętej na dwa klucze, jak w 1819 r.), a obydwie razem – w dawnym sarkofagu.
W 1932 r. przeniesiono do krypty śmiertelne szczątki czterech wiernych towarzyszy Biedaczyny – braci: Leona, Rufina, Anioła oraz Masseusza i Jakobiny Settesoli. Szczątki czterech towarzyszy pochowano we wnękach wokół grobu św. Franciszka, a Jakobiny – w ścianie między schodami prowadzącymi do krypty.
Brat Tomasz z Celano w dość rozległy sposób przedstawia różne momenty kanonizacji Biedaczyny. „Śpieszy już (pap. Grzegorz IX), śpieszy do Asyżu, gdzie spoczywa chwalebny depozyt, co odsunie zeń wszelkie cierpienie i natarczywą troskę .Na jego wjazd cieszy się cały region, miasto napełnia się entuzjazmem, wielka reszta ludu radośnie świętuje, a dzień jaśnieje nowymi światłami. Wszyscy wychodzą na jego spotkanie i wszyscy chcą pełnić uroczystą straż. Wychodzi mu naprzeciw pobożna wspólnota ubogich braci, a każdy śpiewa miłe pieśni pomazańcowi Pańskiemu. Wikariusz Chrystusa dociera na miejsce. Najpierw schodzi do grobu świętego Franciszka, wita go żarliwie, ze czcią .Wzdycha, bije się w piersi, płacze i z wielką pobożnością chyli czcigodną głowę .– Tymczasem organizuje się uroczyste posiedzenie świętej kanonizacji. W tym celu zwołuje się dostojne grono kardynałów. Zewsząd przychodzi wielu tych, którzy zostali uwolnieni od swych nieszczęść przez świętego Bożego, i stąd się jawi wielka ilość cudów: potwierdza się je, sprawdza przesłuchuje, przyjmuje.
W międzyczasie naglące urzędowe sprawy, pewne owe zagrożenia, odwołują uszczęśliwionego papieża do Perugii. Wszakże za hojną i szczególną łaską znów wraca do Asyżu, na sprawę najważniejszą. Wreszcie ponownie udaje się do Perugii, gdzie dla rozpatrzenia tej sprawy w pałacu pana papieża zbiera się święte zgromadzenie .Wszyscy są zgodni, wszyscy mówią to samo. Czytają cuda i bardzo podziwiają, w najwyższych pochwałach wynoszą życie i sposób bycia błogosławionego ojca. Mówią, że «prześwięte życie tego najbardziej świętego człowieka nie potrzebuje poparcia cudami, bo przekonała nas prawda tego, cośmy sami widzieli i sami dotykali» (por. 1 J 1,1). Wszyscy zachwyceni, cieszą się, płaczą, a w ich łzach tkwi wielkie błogosławieństwo. Już, już wyznaczają święty dzień, w którym cały świat napełni się zbawienną radością. Nadchodzi uroczysty dzień ,czcigodny dla całego wieku, co nie tylko na ziemię, ale i na niebieskie pokoje nieci wzniosłą radość. Zwołują się biskupi, przybywają opaci, stawiają się prałaci Kościoła z najdalszych nawet stron, król zaszczyca swą obecnością, nadciąga wielka liczba książąt i dostojników. Wszyscy towarzyszą panu całego świata i razem z nim we wspaniałym korowodzie wchodzą do miasta Asyżu. Przychodzą na miejsce przygotowane na tak uroczysty zjazd. Uszczęśliwiony papież oraz całe zebranie wspaniałych kardynałów, biskupów i opatów zajmuje miejsca. Teraz nadzwyczajna ilość i kleryków, tam szczęsne i święte zgromadzenie zakonników, tam skromne dziewice ze świętymi zasłonami, tam olbrzymi tłum wszelkiego ludu, prawie niezliczona rzesza ludzi obojga płci. Ciągną ze wszystkich stron. Ludzie każdego wieku usiłują dostać się do tego wielkiego zgromadzenia. «Są tu mały i wielki, podległy swemu panu i wolny» (por. Hi 3,19).
Stoi najwyższy kapłan, oblubieniec Chrystusowego Kościoła, otoczony tak wielką ilością różnorakich dzieci, a na jego głowie korona chwały, naznaczona znakiem świętości. Stoi ozdobiony papieską tiarą, ubrany w święte szaty spinane złote i wysadzane drogimi kamieniami. stoi pomazaniec Pański w złocistej wspaniałości , przyodziany w błyszczące i kształtne klejnoty .Przyciąga oczy wszystkich. Otaczają go kardynałowie i biskupi, zdobni we wspaniałe łańcuchy, lśniący śnieżno białymi szatami. Wyrażają obraz niebiańskiego piękna, przedstawiają radość uwielbionych. Cały lud oczekuje słowa radości ,słowa wesela, słowa nowego, słowa pełnego słodyczy, cłowa chwały, słowa wieczystego błogosławieństwa. Najpierw przemawia do całego ludu papież Grzegorz, i z miodopłynnym uczuciem, dźwięcznym głosem wygłasza pochwałę Boga. A także w wyśmienitej mowie wychwala św. ojca Franciszka, a wspominając i wieszcząc sposób i czystość jego życia, cały zalewa się łzami. Jego mowa ma taki początek: «Jak gwiazda zaranna pośród chmur, jak pełny księżyc we di swoje, jak słońce jaśniejące, k on zaświecił w świątyni Boga» (Syr 50,6-7).
Kończy się „mowa wierna i godna wszelkiego uznania” (1 Tm 1,15), a jeden z subdiakonów pana papieża, imieniem Oktawian, bardzo głośno czyta wobec wszystkich cuda Świętego. Pan Ranieri, kardynał diakon, o wybitnie przenikliwym umyśle, sławny z pobożności i szlachetnych obyczajów, wyjaśnia je, w świętych słowach i pełen łez. Pasterz Kościoła cieszy się, a dobywając z piersi głębokie westchnienia i wybuchając szlochem, wylewa potoki łez. Także wszyscy inni prałaci Kościoła rzewnie płaczą, a strugi ich łez skrapiają im święte szaty. Wreszcie wszystek lud, ciężko zmęczony napiętym oczekiwaniem, płacze. – Uszczęśliwiony papież wyciąga ręce ku niebu i woła donośnym głosem: «Na cześć i chwałę wszechmogącego Boga Ojca i Syna i Ducha Świętego, chwalebnej Dziewicy Maryi, świętych Apostołów Piotra i Pawła, i na chlubę Kościoła Rzymskiego, za radą braci naszych i innych prałatów, czcząc na ziemi błogosławionego ojca Franciszka, którego Pan uwielbił w niebiesiech, postanawiamy wpisać go do katalogu Świętych i obchodzić jego święto w dniu jego śmierci». – Po tym ogłoszeniu czcigodni kardynałowie razem z panem papieżem intonują głośno Te Deum laudamus. Podnosi się wołanie licznego ludu chwalącego Boga. Ziemia rozbrzmiewa ogromnymi głosy, powietrze wibruje krzykiem radości, a grunt zrasza się łzami. Śpiewają nowe pieśni, a słudzy Boży wykonują religijne melodie. Słychać tam miłe dźwięki instrumentów i modulowany śpiew religijnych pieśni. Wionie bardzo przyjmeny zapach, a radosna melodia porusza uczucia wszystkich. Dzień jaśnieje, a jeszcze bardziej barwią go iskrzące promienie. Tam zielone gałązki oliwek i świeże liście innych drzew. Tam świąteczny ubiór, co na wszystkich lśni się, błyszczy i zdobi, a błogosławieństwo pokoju uwesela serca zebranych.
Wreszcie szczęsny papież Grzegorz wstaje z wysokiego tronu i po zniżających się stopniach wchodzi do sanktuarium, aby sprawować modły i ofiary. Drżącymi ze szczęścia wargami całuje grób zawierający święte i Bogu poświęcone ciało. Ofiaruje i zanosi modły celebruje święte tajemnice. Koło niego wieńcem stoją bracia ,sławiąc, adorując i błogosławiąc wszechmogącego Boga, który dokonał wielkich rzeczy po całej ziemi. Cały lud mnoży pochwały Boga i na część najwyższej Trójcy składa św. Franciszkowi dary sakralnych dziękczynień. amen.
A dokonało się to w mieście Asyżu ,w drugim roku pontyfikatu pana papieża Grzegorza Dziewiątego, septimo, decimo die kalendarum mensis augusti (tzn. 16 lipa 1228 roku, w IX niedzielę po Zielonych Świętach)” (1 Cel 123-126).
W Kościele katolickim celebracja liturgii kanonizacyjnej odbywa się zazwyczaj w Watykanie. W średniowieczu jej miejscem były także inne miejscowości, w których papież rezydował lub przez które przejeżdżał. Kanonizacja św. Franciszka odbyła siew 1228 r. w Asyżu ,św. Antoniego z Padwy w 1232 r. w Spoleto, św. Dominika w 1234 r. w Rieti, św. Klary z Asyżu w 1254 r. w Agnani, św. Jadwigi z Trzebnicy w 1263 r. w Viterbo, św. Tomasza z Akwinu w 1317 r. w Awinionie. Od powrotu papieży z Awiniony do Watykanu kanonizacje odbywały się w bazylice św. Piotra. Papież Jan Paweł II przywrócił do zwyczaju odbywania ceremonii beatyfikacyjnych, a nawet kanonizacyjnych poza Rzymem: św. Sarkandra i św. Zdzisławy w 1995 r. w Ołomuńcu, św. Jadwigi królowej w 1997 r. w Krakowie, św. Jana z Dukli w 1997 r. w Krośnie, św. Kingi w Starym Sączu. Od 1253 r. (kanonizacja św. Stanisława biskupa i męczennika w Asyżu) noszono w procesji sztandar z wyobrażeniem cudu dokonanego za przyczyną świętego.