Już od dłuższego czasu Asyżanin nie jest swawolnym, wesołym przywódcą młodzieży, jakim był kiedyś. Chodzi zatopiony w myślach; nie wie jeszcze, czego chce i co się z nim dzieje. Tylko jedno jest pewne: marzenia o zostaniu rycerzem uleciały; na wojennej ścieżce nie znalazł swego szczęścia. Więzienie w Perugii i choroba dały mu do myślenia; w domu rodzinnym także już się nie układa. W zasadzie zerwał już z domem. Odwiedza samotne miejsca, by się modlić; unika głośnego towarzystwa; jakaś siła pociąga go do trędowatych. Tam doznał czegoś gwałtownego: gorycz zamieniła się w słodycz; obrzydzenie na widok trądu przemieniło się we współczucie i pojawiło się nowe uczucie, które dało mu radość, a nawet więcej – słodycz i czułość. Przełamując się i całując trędowatego poznał się z innej strony. Odkrył w sobie nowe możliwości. Wydarzenia te nauczyły go mierzenia inną miarą, dostrzegania innych wartości, a były nimi Bóg i trędowaci. Spotkanie z nimi przemieniło go. Teraz zaczynał wyczuwać jakąś wyższą siłę kierującą jego życiem. Owo przeczucie i otwartość sprawiły, że „Gdy któregoś dnia wyszedł za miasto, aby wśród pól oddać się rozważaniom i przechodził obok kościółka św. Damiana, któremu z powodu starości groziła ruina, za natchnieniem Ducha Świętego wstąpił do niego, aby się modlić. Upadłszy twarzą na ziemię przed podobizną Ukrzyżowanego, doznał podczas modlitwy niemałej pociechy ducha. A gdy wpatrywał się z oczyma przepełnionymi łzami w Krzyż Pana, usłyszał na własne uszy głos dochodzący do niego z Krzyża, mówiący trzy razy: – Franciszku, idź i napraw mój dom, który jak widzisz cały ulega zniszczeniu” (ŻW II,1). „Franciszek – zdjęty strachem – niemało się zdumiewa i na skutek tych słów prawie odchodzi od zmysłów. Jest gotów być posłuszny; cały zbiera się do wykonania rozkazu” (2 Cel 10). Modlący się przed krzyżem Święty z Asyżu został wyobrażony a czwartym z dwudziestu ośmiu fresków Giotta w górnej bazylice św. Franciszka w Asyżu.
Kościółek poświęcony jest wschodnim świętym Kosmie i Damianowi, dwom chrześcijańskim lekarzom, którzy zginęli jako męczennicy. W ikonografii i w dokumentach pojawia się zawsze tylko św. Damiana. Według najnowszych badań pierwotny kościółek posiadał jedną nawę, podwyższone prezbiterium i podziemną kryptę. Pierwszy dokument odnoszący się do San Damiano, przechowywany w archiwum San Rufino, pochodzi z 1030 r., ale kościół mógł być zbudowany około VI-VII w. Kiedy Asyżanin przybył po raz pierwszy do kościółka w 1205 r,. budynek niszczał już ze starości i z powodu złej konserwacji. Należał najpierw do biskupa Asyżu potem został przekazany klaryskom, ale następnie, po śmierci św. Klary w 1253 r. znów stał się własnością biskupa. W 1604 r. san Damiano przechodzi w posiadanie Braci Reformatów i staje isę ich centralnym klasztorem. W 1860 r. zadekretowano jego likwidację, zgodnie z prawami nowego królestwa Italii. Bracia zostali wyrzuceni z klasztoru 1 stycznia 1867 r. Budynek klasztorny zaczął niszczeć i podupadać, aż został odkupiony przez Anglika Jerzego Ferdynanda Samuela Robinsona, markiza z Ripon, wicekróla Indii w imperium brytyjskim. Kontrakt z zarządem miasta został podpisany 27 stycznia 1879 r. Franciszkanie wskrzesili w nim życie zakonne 12 grudnia 1881 r. W okresie gdy klasztor był zniesiony, pozostawali w nim dwaj lub trzej bracia jako kustosze kościoła. Obecnie San Damiano, zamieszkany przez Braci Mniejszych, jest własnością Anglika, lorda Lothian. W latach osiemdziesiątych XX w. została podpisana umowa pomiędzy lordem Lothianem a ministrem generalnym Zakonu Braci Mniejszych, regulująca sposób korzystania z obiektu przez Zakon i zwiedzających. Na skutek trzęsienia ziemi w 1997 r. prawie wszystkie sanktuaria w Asyżu uległy – w różnym stopniu – zniszczeniu W następnych latach zostały przeprowadzone prace remontowo-konserwacyjne, także w San Damiano.
Obecność św. Franciszka w San Damiano rozpoczyna się w 1205 r., a kończy 4 października 1226 r. Około 1205 r., czy może nawet wcześniej, Asyżanin przychodzi do San Damiano, często podczas swych podróży do Foligno związanych z handlem suknem. Pod koniec 1205 r. lub na początku 1206 r. Jezus ukrzyżowany wzywa go do naprawy kościoła. Franciszek ukrywa sięw nim cały miesiąc. W tym kościółku Święty z Asyżu modlił się przed namalowanym krzyżem. ten krucyfiks o wymiarach 210 cm x 130 cm jest obecnie przechowywany w bazylice św. Klary w Asyżu. Namalowany krzyż naklejony na orzechowe drewno pochodzi ze szkoły Umbryjskiej i wykazuje wyraźne wpływy syryjsko-biznatyjskie. Ma ponad 800 lat. Jest żywy, o jaskrawych kolorach. Chrystus nie cierpi, lecz promieniuje dostojeństwem. Spogląda na wpatrującego się w Niego bardzo przenikliwie. Jezus nie wisi na Krzyżu; On stoi. Krucyfiks odznacza się również tym, że ukazuje całe Misterium Paschalne: Ukrzyżowanie, Zmartwychwstanie, i Wniebowstąpienie. Przedstawione są tu osoby, które miały do czynienia z ukrzyżowaniem. Również aniołowie obecni przy zmartwychwstaniu i kobiety przy grobie. Apostołowie spoglądają za Wstępującym do nieba. Również sam obraz z Krucyfiksem wskazuje ponad siebie – na niebo, ukazujące się w górnej krawędzi; z niego podnosi się ręka Ojca błogosławiącego Syna, który spełnił Jego wolę, „posłuszny aż do śmierci na krzyżu”. Błogosławiony palec Boga Ojca może wskazywać na Ducha Świętego, który jest nazwany w Sekwencji na Zielone Święta – „palcem Ojca”. Tak wiec krucyfiks przedstawiałby Ojca, Syna i Ducha Świętego.
Romański Krucyfiks z San Damiano wykazuje takie bogactwo, pełnię i siłę wyrazu, że nie dziwi fakt, iż on ujął wrażliwego i młodego Franciszka. Centralna postać obrazu – Pan Jezus – porwała Biedaczynę wewnętrznie i zewnętrznie. Krucyfiks ożył, przemówił. Stał się Chrystusem, który spoglądał na Franciszka otwartymi oczyma i rozłożywszy ramiona w geście zaproszenia, kazał mu rozważać: „Franciszku, czyż nie widzisz, że mój dom się chyli ku upadkowi? Idź więc i napraw Mi go!” (3 T 13). Asyżanin w ten sposób modlił się pod krzyżem św. Damiana: „Najwyższy, chwalebny Boże, rozjaśnij ciemności mojego serca i daj mi Panie, prawdziwą wiarę, niezachwianą nadzieję i doskonałą miłość, zrozumienie i poznanie, abym wypełniał Twoje święte i prawdziwe posłannictwo”.
W 1206 r. po opuszczeniu rodziny powraca Asyżanin do kościółka, żeby go odbudowa. Tam też dojrzewa jego powołanie, który modli się, żyje w ubóstwie i pokucie oraz prosi o jałmużnę. Prace wykonane przez Franciszka trwały długo ,były ciężkie i obejmowały duży zakres wykonanych robót. Nie był to remont polegający jedynie na wymianie rozsypujących się kamieni, uzupełnieniu braków lub załataniu dziur. Do dziś widać jeszcze ślady tych prac. Młody Asyżanin zaczyna prace remontowe pośród rozlicznych trudności i przestojów (prześladowanie ze strony ojca, obnażenie się przed biskupem, ucieczka z Asyżu). Podejmuje je na nowo ze ściśle określonym celem: ma to być klasztor zdolny przyjąć grupę świętych kobiet. Nie jest to więc zwykły remont podupadającego kościoła, ale restrukturyzacja i przystosowanie różnych pomieszczeń. Mówi się, że Biedaczynie pomagali robotnicy, być może przygodni i ubodzy, którzy przebywali w tamtejszej okolicy, a także pobożni mieszczanie. Zauważa się, że Franciszek bardzo potrzebował większych ilości kamienia, chociaż w okolicy były pokłady trawertynu. Kupił go nawet od księdza Sylwestra (3T 30). Źródła podają, że pod wpływem ciężkiej pracy delikatna postura Asyżanina nosiła ślady zmęczenia i zniszczenia (3T 21-22). Z trzech budowli odrestaurowanych przez niego: Porcjunkuli, św. Piotra i kościoła św. Damiana, ten ostatni jest z pewnością największy i trzeba było poświęcić mu najwięcej czasu ,wysiłku, pracy i pieniędzy. Jest one też najlepiej zaprojektowany. Gdy Klasa i Agnieszka, rodzone siostry, przybyły do San Damiano w 1211 lub 1212 r., budynek był zbyt duży jest na potrzeby dwóch sióstr. Kiedy po kilku latach wspólnota się powiększyła, niektóre pomieszczenia, jak chór, dom dla braci, nie były już wystarczające i nie odpowiadały jej wymaganiom. Gdy natomiast liczba sióstr przekroczyła 50 osób, pomieszczeń było za mało i były zbyt małe. Kościół, refektarz, dormitorium, infirmeria jeszcze spełniały swoje funkcje, jednak chór, kuchnia, pralnia już nie. Te pomieszczenia usiały być powiększone. Mury tych wnętrz zbudowane są z innego kamienia, inaczej i inną ręką obrobione.
San Damiano miał wielki wpływ na powołanie Świętego z Asyżu. Jego powołanie bowiem rozwija się i opiera na trzech fundamentach: modlitwy, pokuty i jałmużny. Franciszek modli się w samotności i w ubogim miejscu. Na modlitwie prosi o łaskę oświecenia i mocy do wypełnienia misji swego życia. W modlitwie otrzymuje pierwszą wyraźną odpowiedź od Ukrzyżowanego, który ukazuje mu drogę i dzieło do wykonania: „Franciszku, idź, napraw mój dom, który, jak widzisz, cały idzie w ruinę” (2 cel 10). Asyżanin rozpoczął renowację zrujnowanych kościołów. Główny jednak zamiar wyrażony w usłyszanych słowach dotyczył tego Kościoła, który „Chrystus nabył Krwią swoja” (Dz 20,28) (ŻW II,1). Modlitwa i pokuta przyczyniają się do wzrostu duchowego Biedaczyny i dają mu odwagę do pokonywania wszelkich przeciwności. Modlitwa i pokuta uzdolniły go do podjęcia ważnej decyzji w jego życiu: wyzbycia się wszystkich dóbr, ubrań, które nosił, a nawet ojca (3 T 16; 3 T 20). Modlitwa i ciężka praca dają mu radość i odwagę przy odbudowie sanktuarium: „Po powrocie do kościoła św. Damiana, przepełniony radością i zapałem, zrobił sobie jakby pustelniczy habit i umacniał kapelana tego kościoła tymi samymi słowami, które skierował do niego biskup, dodając mu odwagi. Następnie wstał, poszedł do miasta, chodził po ulicach i placach, wyśpiewując pochwały na cześć Pana. Wyglądał jakby upojony Duchem Bożym” (3 T 21). „Wszystko, co zniósł w tym przedsięwzięciu, byłoby zbyt trudne i długie do opowiadania. On bowiem żyjący ongiś w dobrobycie rodzinnego domu, nosił teraz kamienie na swych własnych barkach i umartwiał się na wiele sposobów w służbie Bożej” (3 T 21). Posłuszeństwo Ukrzyżowanemu poprowadziło go do następnego wielkiego kroku – chodzenia za jałmużną: „Nadszedł dzień, w którym [Franciszek] spostrzegł troskę kapłana względem siebie. Powiedział więc sobie: «Czy znajdziesz gdziekolwiek takiego kapłana, który okazywałby ci tyle dobroci? To nie tam z pewnością znajduje się życie ubogie, które chciałeś wybrać. Idź więc, jak prawdziwie ubogi od drzwi do drzwi, weź miskę do ręki (…). Oto, jak winieneś żyć dobrowolnie z miłości ku Temu, który narodził się ubogi, najbiedniejszy, pozostał odarty i ubogi na żył na świecie, pozostał odarty i ubogi na szubienicy oraz został pochowany w cudzym grobie». Wstał więc i wziął miskę. Wszedł do miasta i prosił o jałmużnę, idąc od drzwi do drzwi” (3 T 22). Proszenie o jałmużnę przynosi mu najpierw wstyd, a potem radość i pokorę .Od tej pory Franciszek jest gotowy, jako całkowicie nawrócony, do otrzymania ostatniego polecenia pójścia na cały świat, w ubóstwie, czyniąc i głosząc pokutę: „Pewnego dnia, podczas Mszy Świętej, [Franciszek] usłyszał to, co Chrystus mówi uczniom wysłanym na głoszenie Ewangelii, by nie brali na drogę ani złota, ani srebra, ani torby, ani chleba, ani laski; aby nie mieli sandałów na nogach i nie posiadali dwóch tunik (…). Napełniony został wówczas niewysłowioną radością i krzyknął: «To właśnie jest to, co chcę ze wszystkich sił wypełniać»” (3 T 25). Pośród tych wydarzeń Biedaczyna odkrył swój sposób życia, który polega na życiu według świętej Ewangelii. Jest ot forma życia, którą Święty z Asyżu uważa za daną od Boga, zarówno jemu osobiście, jak i jego braciom. On z kolei proponuje ją swoim siostrom i córkom, Klarze, Agnieszce i ich współsiostrom: „Ponieważ z natchnienia Bożego zostałyście córkami i służebnicami najwyższego i największego Króla, Ojca niebieskiego, i zaślubiłyście się Duchowi Świętemu, wybierając życie według doskonałości Ewangelii świętej ,pragnę i przyrzekam osobiście i przez moich braci otaczać was, tak jak ich, serdeczną troską i szczególnym staraniem” (Sp Kl).
Asyżanin będzie powracał wiele razy do San Damiano, aby dawać duchowe nauki siostrom (2 Cel 207). Gdy zachorował, pozostawał u nich około pięćdziesięciu dni, przeżywając jedno z najwspanialszych doświadczeń mistycznych w doskonałej radości. Ułożył tam Pieśń słoneczną, w której wzywa wszystkie stworzenia do błogosławienia Boga: „Dwa lata przed swoją śmiercią, gdy [Franciszek] przebywał u św. Damiana w jakiejś celi zrobionej z mat trzcinowych i bardzo cierpiał z powodu choroby oczu, tak że ponad pięćdziesiąt dni nie mógł widzieć światła dziennego ani blasku ognia (…): «Pragnę dla Jego chwały, dla naszej pociechy i dla zbudowania bliźnich ułożyć nową pieśń pochwalną z powodu stworzeń Pańskich, których codziennie używamy, bez których żyć nie możemy, a w których rodzaj ludzki tak bardzo obraża Stwórcę. ciągle jesteśmy niewdzięczni za tak wielką łaskę i tak wielkie dobrodziejstwo, gdyż nie wielbimy Stwórcy i Dawcy wszystkich dóbr tak, jak powinniśmy». Siedząc jakiś czas, pomyślał, potem zaś powiedział: «Najwyższy, wszechmogący, dobry Panie (…)», ułożył do tego melodię i uczył swych towarzyszy, by to mówili i śpiewali” (ZwD 100;120). „podobnie w owych dniach, i w tym samym miejscu, po ułożeniu Pochwał Pana w Jego stworzeniach, błogosławiony Franciszek podyktował pewne święte słowa i melodię dla większego pocieszenia Ubogich Pań w klasztorze św. Damiana Wiedział bowiem, że jego choroba martwi je bardzo. A ponieważ z powodu choroby nie mógł iść osobiście, aby je odwiedzić i pocieszyć, chciał przesłać im to przez swoich braci” (ZbA 85).
Ciało św. Franciszka zostanie przyniesione przez braci do klasztoru św. Damiana w niedzielę 4 października 1226 r., aby Klara i siostry mogły dać mu ostatni, pożegnalny pocałunek: „Po otwarciu żelaznej kraty z okna, przez które służebnie Chrystusa zazwyczaj przyjmowały Komunię św. i czasem słuchały Słowa Bożego, bracia wzięli święte ciało z noszy i trzymali je na rękach przy oknie tak długo, aż pani Klara i jej siostry doznały wielkiego pocieszenia, chociaż nadal były zalane łzami i przejęte bólem, ponieważ po Bogu tylko błogosławiony Franciszek stanowił dla nich jedyną pociechę na tym świecie” (ZbA 13; 1 Cel 116-117).
Przebywanie św. Klary w San Damiano rozpoczyna się wiosną 1211 r., a kończy 12 sierpnia 1253 r. Są to 42 lata jej życia w klauzurze: 39 lat jako ksieni, w tym 29 lat w chorobie i cierpieniu. W latach 1211-1215 Klara otrzymuje od papieża Innocentego III przywilej ubóstwa. Rok 1224 jest początkiem trwającej aż do śmierci choroby Klary; w tym roku we wrześniu Franciszek otrzymuje stygmaty na Alwernii. W 1228 papież Grzegorz IX odwiedza Klarę w San Damiano, a 17 września tegoż roku potwierdza przywilej ubóstwa. W 1240 i w 1241 modlitwa Klary i sióstr wyzwala San Damiano i Asyż od najazdu Saracenów. „Jednego razu, gdy Saraceni weszli do chiostro klasztoru, pani Klara kazała nieść przed sobą kustodię, w której był święty Sakrament Ciała Pana naszego Jezusa Chrystusa. I rzuciwszy się na ziemię do modlitwy, ze łzami modlitwy, ze łzami modliła się, mówiąc między innymi te słowa: «Panie, strzeż te swoje służebnice, ponieważ ja nie mogę ich ustrzec». Wtedy świadek usłyszała głos o cudownej słodyczy, który mówił: «Ja zawsze będę cię bronił!». Wtedy wspomniana pani modliła się także za miasto, mówiąc: «Panie, niech Ci się spodoba obronić też to miasto». (…) Wtedy Saraceni, odeszli w taki sposób, że nie uczynili żadnej szkody czy krzywdy” (PKl 9,2). 25 grudnia 1252 r. Klara miała wizję żłóbka i liturgii bożonarodzeniowej w bazylice św. Franciszka. 8 sierpnia 1253 r. papież Innocenty IV odwiedził umierającą Klarę .dzień później papież zatwierdził Regułę św. Klary. 11 sierpnia 1253 r. pod wieczór Klara umarła w San Damiano. Całe życie Klary było wielbieniem i błogosławieniem Boga oraz charakteryzowało się otwartością na Trójcę Świętą: „Świadek powiedziała, że gdy wspomniana pani i święta Matka była liska śmierci, jednego wieczoru, w nocy z piątku na sobotę, zaczęła mówić tak: «Idź bezpieczna w pokoju, ponieważ będziesz mieć dobrą eskortę: Tego, który cię stworzył, posłał ci Ducha Świętego, zawsze strzegł cię jak matka swojego synaczka, którego kocha». I dodała: «Panie, bądź błogosławiony, Ty, któryś mnie stworzył»” (PKl 3,20). Gdy Klara umierała, została okryta przez Maryję jaśniejącą szatą dziewictwa i otrzymała od Niej pocałunek, jak podczas uroczystości zaślubin. Te dwa oblicza są tak blisko, są tak podobne, że w końcu wydaje się, jakby się razem stopiły – widać tylko jedno (PKl 11,4).
12 sierpnia 1253 r. ciało Klary zostaje przeniesione do miasta; papież Innocenty IV odprawia liturgię pogrzebową.
24 listopada 1253 r. w wirydarzu San Damiano rozpoczyna się proces kanonizacyjny Klary. Pod koniec tegoż roku klaryski podejmują pierwsze kroki, aby przenieść się do miasta blisko grobu św. Matki. W 1257 r. klaryski opuszczają definitywnie San Damiano; po nich bracia obejmują kościół i klasztor.
